В 1802 г. на Оренбургскую линию были переселены ставропольские казаки, избравшие местожительством ст. Нижне-Озерную. В 1803 г. последовала новая реформа Войскового Управления. Во главе войска по прежнему оставалась Войсковая Канцелярия, но уже в более увеличенном штате: ее составляли — войсковой атаман, 2 непременных члена, 2 ассессора, 2 секретаря и прокурор. Оренбургский нерегулярный корпус был переформирован в Оренбургский Тысячный полк в составе: 32 офицеров и чиновников и 1043 нижних чинов. Полк должен был находиться в постоянной боевой готовности на случай выступления в киргизскую степь для преследования «хищников», нападающих на границы.
В 1821 г. Оренбургский Тысячный полк был переименован в Оренбургский Казачий Непременный полк.
Реформа 1803 г. коснулась главным образом реорганизации высшего управления войска. Главные основания казачьей службы остались без изменения. Казаки, как и раньше, были обязаны поголовной и пожизненной военной службой на собственный счет, от которой могли избавиться лишь по дряхлости, увечьям и полной физической неспособности к службе. За эту военную службу казаки пользовались земельными угодьями, освобождались от рекрутских наборов и от подушной подати, но зато помимо военной службы они несли еще массу других общественных и казенных повинностей в крепостях и станицах: сопровождали транспорты и проезжающих по линии лиц, укрепляли крепости, проводили дороги, несли караульную службу и т. д.
В 1820 г. распоряжением правительства все отставные солдаты, находившиеся в Оренбургской губ., а также солдатские и пушкарские дети были зачислены в казаки, что увеличило население войска на 13 тыс. человек.
Главная реформа Оренбургского казачьего войска последовала в 1840 г., когда войско получило собственную территорию, в состав которой вошли Челябинский, Троицкий, Верхне-Уральский и Орский уезды, за исключением городов.
Северная конечность границы вновь образованной территории Оренбургского войска проходила в Челябинском уезде у деревни Саликовой, на границе Пермской губ.; восточная в 2-х верстах от отряда Алабужского, Тобольской губ.; южная — по р. Илеку, а западная — по р. Уралу, соприкасаясь с границей Уральского войска около ст. Рассыпной. В длину войсковая территория имела протяжение на 1029 в. и заключала в себе площадь земли 7.885.778 десятин.
Все государственные крестьяне, живущие на землях, отошедших в состав войсковой территории, были зачислены в войсковое сословие. Тем же из них, которые не пожелали стать казаками предложено было переселиться в Бузулукский уезд на государственные земли.