Крестьянство отнеслось к своему перечислению в военное сословие отрицательно. В Троицком уезде начались крестьянские волнения, и большинство крестьян Верхне и Нижне-Увельских волостей, оставив свои дома, переселились в Бузулукский уезд. То же самое наблюдалось и в Кундравинской волости.
Ввиду повсеместных волнений и бегства крестьян с войсковой территории в Бузулукский уезд, что было сопряжено с разорением самого зажиточного населения в крае, в крестьянские волости были двинуты казачьи отряды с артиллерией, усиленные нарядами полиции, которые должны были «убедить» крестьян в превосходстве военного сословия над мирным крестьянским населением. Демонстрация имела успех, и часть крестьян покорились своей участи, т. е. остались на местах, перечислившись в казаки.
Неблагополучно происходило «оказачение» крестьян и в Оренбургском уезде. Крестьяне Оренбургских волостей встретили указ правительства открытым бунтом. По волостям были посланы военные отряды. Сам Наказный атаман Оренбургского казачьего войска граф Цукато с отрядом казаков при артиллерии должен был выехать в Никольскую волость, где окрестные крестьяне, вооружившись чем попало, собрались в толпу и заявили, что они не желают перейти в казачье сословие. Граф Цукато двинул против толпы 3 сотни казаков, приказав им действовать «тупыми концами пик». Толпа крестьян до 1 тыс. человек, заняла кладбище и продолжала сопротивляться; только угроза графа открыть по ним огонь картечью вынудила крестьян сдаться на милость победителя, и они были приведены к присяге, как казаки.
Войсковое население с перечисленными в его состав крестьянами в 1840 г. возросло до 62.620 душ мужского пола.
Согласно положения об управлении войском от 12-XII—1840 г. войско, оставаясь под главным управлением начальника Оренбургского края, было изъято из ведения невойсковых властей и получило свое военно-административное устройство. Территория войска была разделена на 2 военных округа и на 10 полковых округов; к каждому полковому округу было приписано 2500 казаков. Полковыми округами командовали полковые командиры, которым войсковое население подчинялось как в военном, так и в гражданском отношениях.
Общее управление войска по прежнему было сосредоточено в лице войскового атамана, который был переименован в наказные атаманы Оренбургского казачьего войска. Военным управлением, т. е. учетом строевых частей и их службой, заведывало Войсковое Дежурство. Для гражданского управления в войске было учреждено Войсковое Правление, которое приняло на себя все функции гражданской власти, осуществляя ее через полковые округа и местные станичные правления. Местное управление было сосредоточено в полковых и станичных правлениях. В каждом из этих правлений имелись соответствующие отделы и столы, которые ведали хозяйственными, полицейскими, судебными и военными делами полковых округов и станиц.