В 1840 г. новый район вошел в состав территории Оренбургского казачьего войска со всем населением.
Первоначальная застройка и заселение нового района не вызвали противодействия со стороны кочующих здесь мирных казаков потому, что они свободно продолжали кочевать между старой и новой линией. С течением времени, когда русское население возросло, казаки стали терпеть всевозможные притеснения
Но постройка военной линии в киргизской степи произвела огромное впечатление в дальней орде; в 1838 г. на этой почве уже вспыхнуло знаменитое восстание Кенисары Касимова, который, отделившись от России, объявил себя «ханом непобедимой орды» и решил срыть укрепления новой линии. Собрав вокруг себя многочисленное конное ополчение казаков, Кенисара в течение ряда лет, с 1838 по 1840 г., продолжал громить новую линию и своих соплеменников, приверженцев России.
Борьба с Кенисарой потребовала от Оренбургского и Сибирского губернаторов значительных сил и средств. Только в 1845 г., когда по распоряжению Оренбургского губернатора по р. р. Тургаю и Иргизу были построены укрепления Тургай и Иргиз, Кенисара был вынужден откочевать на восток степи и в 1847 г. погиб в войне с киргизами.
Как восстание Кенисары, так и все предыдущие восстания казакского народа против колонизации степи протекали при поддержке Хивинского ханства. Хива рассматривала казакский народ, как авангард мусульманских стран Средней Азии и вооружала его против России, имея целью задержать русское колонизационное движение на восток. Владея низовьями Сыр-Дарьи, Хива господствовала над всеми караванными путями, идущими из Оренбургского края в Среднюю Азию и таким образом держала в своих руках нити среднеазиатской торговой политики.
Генерал Перовский понимал, что для окончательного установления в орде русской власти и для захвата караванных путей необходимо завоевание Хивинского ханства, почему и предпринял в 1839 г. поход на Хиву.
Сформировав отряд из 3 ½ баталионов пехоты, дивизиона оренбургских казаков, 2-х сотен уральцев и 2-х сотен башкир, при 14 орудиях, имея продовольственный транспорт из 12000 вьючных верблюдов, в ноябре 1839 г. выступил из Оренбурга в киргизскую степь. Он был намерен в течение зимы дойти до Усть-Урта, чтоб с наступлением весны напасть на Хиву.
Пробивая себе путь в глубоких снегах степи при сильных морозах, отряд Перовского еле-еле дошел до р. Эмбы, откуда весной 1840 г. был вынужден вернуться в Оренбург, потеряв 11 офицеров, до 1000 солдат и до 1000 казаков-проводников от холодов и болезней и весь свой вьючный транспорт.