На той же почве недоразумения по поводу правительственных распоряжений произошел бунт уральских казаков в 1874—75 г. Изданием закона о всеобщей воинской повинности, который коснулся и казачьих войск, военная служба стала личной повинностью каждого гражданина. Такой порядок в корне нарушал установившийся в войске обычай «наемки», который позволял состоятельным казакам нанимать вместо себя на службу бедняков.
Этот закон прежде всего ударил по состоятельным классам войска, которые уже больше не могли откупаться от службы. Старообрядческое духовенство, недовольное этим нововведением, начало агитировать, что принятие «нового закона» есть не что иное как принятие «новой веры». Возмущенное население отказалось принять «новый закон». Против уральцев были посланы регулярные войска, подвергшие непокорных жестокой экзекуции. Упорных казаков, отказавшихся принять «новый закон», оказалось около 5000 человек. Все они, вместе со своими семьями, были выселены на Сыр-Дарью и Аму-Дарью, где они основали свои колонии, существующие до сих пор.
Все крестьянские и инородческие бунты, происходившие в Оренбургском крае на протяжении XIX в. по преимуществу имели местный характер. Правительство, учитывая национальную и сословную рознь населения Оренбургского края, легко подавляло возникающие беспорядки, посылая против крестьян башкир и казаков, а против башкир и казаков регулярные войска. Так например, в 1807 г. башкиры усмиряли уральских казаков, а в 1837 г. уральские казаки усмиряли башкир и т д.
Раздел Оренбургской губ. в 1850 и в 1865 и упразднение Оренбургского края в 1881 г.
В 1850 г. из состава Оренбургской губ. были выделены г. Самара и уезды: Бугульминский, Бугурусланский и Бузулукский, которые вошли в состав вновь образованной Самарской губернии. Оренбургский военный губернатор был переименован в Оренбургского и Самарского генерал-губернатора, в ведении которого по прежнему сосредотачивалось все управление Оренбургского края, а резиденция оставалась в г. Оренбурге.
В 1865 г. последовал новый раздел Оренбургской губернии, из состава которой была выделена вновь образованная Уфимская губерния. К Оренбургской губернии отошли пять уездов: Оренбургский, Орский, Верхнеуральский, Троицкий и Челябинский, все остальные уезды вошли в состав Уфимской губ.
Башкиро-Мещерякское войско и военно-кантонная система управления были упразднены; башкирский народ получил волостное устройство и был подчинен ведению гражданского управления губернии.
Одновременно с этим было преобразовано управление Казакской ордой в «Область киргиз Оренбургского ведомства», которая была выделена из состава Оренбургской губ. и получила самостоятельное управление на правах губернии.