Около шести лет провёл Максим в заточении в Волоколамском монастыре, пока новые обстоятельства не вызвали его на новый соборный суд. На новом соборе митрополит осуждал Максима за то, что «он волшебными хитростями еллинскими писал (углём на стене.- примечание автора.) и водками на дланех своих и распростирал длани свои против великого князя, а также против многих поставлял волхвуя [299].
Углём он написал на стене своей темницы акафист Параклиту, т. е. Святому Духу... Вообще всё поведение Максима в Волоколамском монастыре понималось его врагами как вызов. Нужен был только повод, чтобы снова потребовать его в суд. Повод представился в виде политического дела: усмотрели связь Максима с турецким послом Скиндером, умершим в 1530 г. (новый собор в 1531 г,). Максима объявили агентом турецкого султана: обвинение, явно притянутое за волосы, ведь заветной политической мечтой Максима Грека, как и кардинала Виссариона, было поднять московского царя в «крестовый поход» против неверных, против захватчика, турецкого султана. [...] Какой же при этих условиях из Максима Грека турецкий агент, враждебный великому князю Василию III? [...] Великий князь всячески выискивал и копил предлоги для расправы чужими (соборными) руками с иноземным учёным, которого он пригласил, согласно собственной грамоте, лишь временно и которого обязан был холить и защищать от врагов, а не продавать а lа Пилат, умывая руки, на пытки доморощенной инквизиции.
После постигшей Максима Грека опалы оставшиеся в селе Коломенском книги [300] были спрятаны там же, в тайниках княжеского дворца, связанного подземным ходом с соседней Алевизовской, сторожевой башней, имитированной под церковь (Вознесения). Эта последняя представляет из себя замечательное и загадочное сооружение. На хорах видны две дверные замуровки, которых ещё никто не открывал. Каменный подвал церкви в одном углу издавал совершенно определённый звук пустоты. В первые годы революции один московский бывший староста просверлил в буте пола две скважины на глубину до 5 м, но, порвав о камни не один бур и угробив около двух тысяч рублей, бросил.
По распоряжению ЦИКа я пробил в загадочной замуровке сквозной, до материковой глины, колодец, до 8-9 м глубиною, В глине оказались загнанные наискось метровые дубовые сваи в шахматном порядке, назначение которых было, видимо, облегчить давление гигантской каменной пробки на пустоту под нею, на глубине ещё приблизительно 5 м. Наличие пустоты изобличал всё время гул при пробивке колодца, настолько отчётливый, что опытный забойщик-татарин искренне боялся провалиться. Упомянутую глиняную перемычку между пробкой и пустотой для определения её мощности необходимо было пройти буром, но свободного бура в нужный момент не оказалось во всей Москве