Для приготовления философского камня материю, должным образом приготовленную и очищенную, помещают в так называемое «философское яйцо», т. е. в герметически закупоренный стеклянный сосуд, и затем подвергают действию огня. Под влиянием его материя начинает разлагаться, проходит так называемую стадию «гниения»; затем она чернеет, летучая часть ее возгоняется и, сгущаясь в верхней части сосуда, снова стекает на твердый остаток. Под влиянием таких многократных возгонок материя начинает светлеть, становится сначала серой, потом проходит через все цвета радуги (эту стадию алхимики называют «павлиньим хвостом»), становится белой и. наконец, принимает красный цвет. Этот красный цвет есть признак того, что философский камень готов. Но это еще только «магистерий (или лекарство) первой степени»; необходимо повторить весь процесс второй и третий раз, чтобы получить «магистерий третьей степени», который и есть настоящий философский камень, ничтожное количество которого может превращать в золото большое количество ртути или свинца.
Черный цвет, принимаемый материей в начале процесса изготовления камня, символизирует то состояние неведения, в котором находится профан, ищущий посвящения. Лишь тот готов к посвящению, кто сознает бессилие своего разума перед великими вопросами, которые ставит перед нами жизнь и которые не дадут нам покоя, пока мы их не разрешим; кто страдает от раздвоенности между возвышенным идеалом и действительностью и сознает бессилие не возрожденной воли в борьбе с низшей, животной нашей природой. Посвящаемого в масонство, которое, как известно, сохранило многие традиции древних мистерий, вводят прежде всего в мрачную маленькую комнату; стены ее обтянуты черным; убранство состоит из эмблем, напоминающих о смерти: скелет, на столе череп и кости. Надписи на стенах («Познай самого себя» и др.) приглашают неофита углубиться всецело в исследование своей внутренней духовной сущности и отвлечься от всего внешнего, преходящего. Это соответствует помещению «первой материи» в герметически закупоренное «философское яйцо» и появлению черного цвета. Символические путешествия, совершаемые затем посвящаемым, изображают различные фазы человеческой жизни, через которые человек должен пройти, чтобы приобрести тот жизненный опыт, который делает его способным достигнуть посвящения. Этому соответствуют многократные возгонки, которым подвергается «первая материя». Смена цветов, происходящая при этом, символизирует постепенное очищение посвящаемого, низшая природа которого становится, так сказать, все более прозрачной, все более способной пропускать свет Духа. Радужные цвета символизируют развитие в возрожденном человеке высших способностей; на низшей степени (ученичество) это добродетели, умственные способности и интуиция; на высших степенях — это способности ясновидения, дар пророчества, целительная сила и т. п. Появление красного цвета (при приготовлении первого «магистерия» или при «первой работе», соответствующей степени ученика) символизирует достижение посвящаемым истинного самопознания, опытного познания своего истинного, бессмертного «я» и пробуждение в ученике благодаря этому центра инициативной воли, способной властвовать над всеми личными, низшими желаниями. Достигнувший этого ученик готов к посвящению в степень подмастерья.