Генрих д'Альбре понимал опасность длительного пребывания при дворе. Ему удалось получить разрешение удалиться, чтобы лично управлять своими землями. Серьезное отношение к своим обязанностям суверена и тонкое политическое чутье помогли ему понять и принять различные проявления независимости своих подданных. Он их ловко использовал и создал настоящее государство с отлаженной системой управления.
В 1519 г. Генрих д'Альбре сформировал Высший Совет, который станет в будущем беарнским парламентом. Он учредил также счетную палату, монетный двор, разделил территорию на военные округа, построил неприступную крепость Наварранкс, чтобы создать преграду для вторжений в долины. Короче говоря, современный государственный аппарат, опирающийся на административные органы и на собрания депутатов или экспертов, которые контролировали исполнительную власть короля в финансовом, административном, дипломатическом, а позже и в религиозном плане. Кроме того, наваррский король поддерживал непосредственную связь со своими подданными. Эти товарищеские отношения с народом резко отличались от церемониала французского двора. Он любил свой народ, как отец любит своих детей, и обеспечивал ему все средства для обогащения, дабы воспрепятствовать праздности и разврату. Впоследствии Генрих IV примет эту эстафету. Когда возобновилась война в Италии, Генрих д'Альбре поддержал Франциска I. Оба они были взяты в плен у Павии, но наваррец вышел из положения с большей ловкостью, чем король Франции. Тогда как в Беарне прилагались неимоверные усилия, чтобы собрать огромный выкуп, который потребовал Карл V, Генрих сбежал из тюрьмы, спустившись на веревке с башни, где содержался, и поспешил в свои владения, избавив таким образом своих налогоплательщиков от немалых расходов. Через два года он женился на любимой сестре Франциска I, вернувшегося к тому времени из испанского плена, Маргарите Ангулемской, вдове герцога Алансонского. Между Францией и Беарном был переброшен новый мост. 16 ноября 1528 г. от этого брака родилась Жанна д'Альбре.
Женившись на Маргарите Ангулемской, Генрих д'Альбре округлил свои владения, так как Франциск I дал сестре богатое приданое. Он уступил ей также все вотчины Арманьяков, унаследованные ее первым мужем герцогом Алансонским, которые после его смерти должны были отойти к короне.
Кроме лично принадлежавших ему владений и тех, которые он получил через жену, Генрих д'Альбре занял благодаря своему шурину многочисленные административные должности. С 1528 года он являлся наместником короля и адмиралом Гиени. Он, если можно так сказать, был вице-королем старой Аквитании, которой правил как сюзерен (Наварра и Беарн), как вассал короля (владения д'Альбре и Арманьяков) и как представитель монархической власти. Если к этому добавить сепаратистские настроения Юго-Запада, усилившиеся после распространения Реформации, то можно понять, какую силу представляло собой гасконское княжество, когда король Франции Генрих II выдавал замуж его наследницу.