Вопреки всем ожиданиям, Жанна и Антуан нежно любили друг друга в первые года их брака. Нам позволяют судить об этом пылкие, почти игривые письма, которыми они обменивались. «Душечка моя, я никогда не думал, что буду вас так любить. В следующий раз я непременно возьму вас с собой, потому что тоскую без вас». На следующий день после свадьбы Генрих II заметил: «Я никогда не видел новобрачной счастливее, чем эта. Она все время смеется…» Через четыре года, когда отношения между ними начали портиться, она все еще продолжала с любовью подписывать свои письма к мужу: «Ваша покорная служанка, супруга и возлюбленная».
Антуан, несмотря на десятилетнюю разницу в возрасте, был настоящим сердцеедом. Веселый, красивый и элегантный, он пока проявлял только лучшие стороны своего характера.
После свадьбы молодожены отправились к матери Антуана Франсуазе Алансонской в замок Вандомов, а оттуда вернулись ко двору, чтобы присутствовать на свадьбе отвергнутого жениха Жанны — Франсуа де Гиза и внучки короля Людовика XII Анны д'Эст. Для него это был блестящий брак, и свадебные торжества, устроенные по распоряжению Генриха II, по своей пышности резко отличались от скромного бракосочетания в Мулене. В начале 1549 г. Антуан и Жанна вместе с Маргаритой Ангулемской прибыли в Беарн.
Для них начались длительные разлуки и постоянные переезды. В то время все знатные семьи вели кочевую жизнь. Управление владениями и семейные дела чаще всего лежали на супруге, которая оставалась дома, тогда как муж находился в королевском окружении и занимал высокие придворные должности, часто отлучаясь в провинцию, где был губернатором, или в королевские войска, в которых традиционно был на высоких командных постах.
Отголоски этих разлук сохранились в письмах тех лет. Без них мы почти ничего не знали бы о женщинах XVI века, обладающих высоким авторитетом, здравым смыслом, мужеством и решимостью, которых часто не хватало мужчинам того времени. И неслучайно, что распространением новых религиозных идей, как правило, занимались женщины, более далекие от политических интриг, чем их мужья, и более близкие к реальной жизни. Они первыми соприкоснулись с евангелическим учением сторонников Реформации и проявили мужество и стойкость древних римлянок, пряча проповедников и приобщая к новой религии своих дочерей, слуг и крестьян, а вслед за ними сыновей и мужей.
После отъезда мужа Жанна на долгие месяцы осталась в одиночестве. На Севере снова началась война, и Антуан командовал войсками на границе Пикардии, губернатором которой он являлся. Совместная супружеская жизнь была крайне затруднительной, так как королю Франции пришлось бы не по вкусу, что его кузина посещает лагеря и гарнизоны. Однако супруги прибегали к разного рода уловкам, свойственным всем влюбленным. Жанна издалека следила за ходом военной кампании, и если ситуация была благоприятной, быстро приближалась к месту боевых действий, чтобы при первой же возможности украдкой встретиться с мужем. Так были зачаты их первые дети. 21 сентября 1551 года родился их первенец, герцог де Бомон, которого назвали Генрихом в честь деда Генриха д'Альбре. Кстати, незадолго до этого королева Франции Екатерина Медичи родила третьего сына, который впоследствии станет Генрихом III.