Следы похищенного шедевра появляются только через три с половиной года, в январе 1945 года, когда Красная армия перешла в решительное наступление почти на всех фронтах и особенно мощно действовала на Западном направлении. Конец Восточной Пруссии был не за горами. Как раз в это время там находилось одно из крупнейших немецких судов «Вильгельм Густлофф» — в конце войны оно стало плавучей базой для подводных лодок. Командовавший подводным флотом рейха адмирал Дениц приказал направить «Вильгельм Густлофф» в Киль, а немецкое командование приняло решение использовать этот переход для эвакуации части важных грузов и личного состава из Восточной Пруссии. Так на борту «Вильгельма Густлоффа», кроме команды плавучей базы, оказалось еще более девяти тысяч пассажиров: различного ранга сотрудники РСХА, курсанты эвакуируемых военных училищ, летчики морской авиации, отдыхавшие в этот момент на базе подводники, офицеры тыловых служб вермахта, партийные чиновники и другие.
Согласно показаниям очевидцев, на борт огромный пароход взял и секретные спецгрузы неизвестного характера и назначения. Офицеры требовали обращаться с грузом крайне осторожно. Но был ли этот груз Янтарной комнатой, достоверно неизвестно.
После погрузки огромный пароход вышел в открытое море. Но добраться ему до Киля не было суждено — недалеко от берега рыскала в поисках цели советская подводная лодка С-13 под командованием капитан-лейтенанта Маринеско. Заметив силуэт «Вильгельма Густлоффа», подводники стали готовиться к торпедной атаке. Недостаточная освещенность лишь способствовала успеху советских моряков: три выпущенные ими торпеды точно попали в цель. Буквально в мгновение ока «Вильгельм Густлофф» затонул и лег на грунт, приблизительно на глубине сорока метров.
Ныне уже тяжело установить, кто первым связал трагедию немецкого парохода и подвиг советской подлодки с похищенной в Царском Селе Янтарной комнатой. Однако загадка груза «Вильгельма Густлоффа» потянула за собой цепь новых, уже послевоенных событий, связанных с нераскрытыми тайнами войны.
Официально место, где лежит немецкий суперлайнер, было установлено спустя одиннадцать лет после его гибели, в 1956 году. «Вильгельм Густлофф» затонул в международных водах. Еще через семнадцать лет, летом 1973 года, группа польских аквалангистов специально сделала несколько погружений, чтобы обследовать корпус корабля. Как же они удивились, когда, проникнув внутрь через гигантские пробоины, увидели, что там до них уже кто-то побывал и даже пытался прорезать толстые стальные переборки подводными резаками. Однако кто это был? Скорее всего, те, кто точно знал секрет грузов «Вильгельма Густлоффа». А его знали только спецслужбы фашистской Германии!