В то время структура нервной системы была предметом бурных дебатов. В 1830‑е с помощью микроскопа ученые открыли клетку, однако техника была еще недостаточно мощной, чтобы позволить разглядеть синапсы — промежутки между нервными клетками. Потому весь научный мир разделился на два лагеря: нейронистов и ретикуляристов. Первые полагали, будто мозг состоит из элементарных структурных частиц — нейронов. Вторые же считали, что мозг — это единая структура, неразделимая на клетки. Приняв сторону нейронистов, Фрейд взялся описывать и зарисовывать все свои наблюдения за серым веществом и выходящими оттуда нервными волокнами, а в 1877 г. опубликовал изображение позвоночной хорды миноги, где отчетливо просматривалось тело нервной клетки в сером веществе.
Попутно Фрейд изобрел новый метод окрашивания нервной ткани: «Кусочки органа подвергаются отвердеванию в бихромате углекислого калия или в жидкости Эрлиха (2,5 части бихромата углекислого калия и 0,5 сульфата меди к 10 частям воды). Процесс отвердевания завершается помещением экземпляра в спирт. Затем микротомом нарезаются тонкие секции, промываются дистиллированной водой и помещаются в раствор хлорида золота (1:100), куда добавляется объем концентрированного спирта».
Свои наблюдения ученый описал на лекции в 1884 г.: «Еслимы предполагаем, будто нити нервных волокон представляют собой изолированные проводниковые тракты, то следует признать, что в итоге эти пути раздельных волокон в нервной клетке сходятся. Нейроны являются началом всех этих проводящих путей и ими же анатомически соединяются… Вероятно, стимул определенной силы может преодолеть изолированность нервных волокон, и тогда нерв становится единицей, управляющей возбуждением…»
Таким образом, именно Зигмунд Фрейд открыл нейрон, однако презентовал его слишком невнятно, потому учение, согласно которому нервные клетки являются главным структурным и функциональным элементом нервной системы, получило признание лишь в начале 1890‑х. Именно тогда Рамон‑и‑Кахаль стал использовать для сравнения нервных тканей различных животных метод окраски, придуманный будущим отцом психоанализа.
Появление электронных микроскопов расширило возможности исследований в различных областях науки. И если британский физиолог Чарльз С. Шеррингтон ввел понятие синапса на рубеже XIX–XX вв., то увидеть и разглядеть синапсы как контактные зоны, соединяющие отростки нейронов, стало возможным только в 1950‑х благодаря электронным микроскопам. Тогда же было установлено, что у каждого нейрона образуется от 1000 до 10 000 синапсов с другими клетками мозга. Всего мозг содержит 100 млрд нейронов (даже сложно представить, через сколько тысяч лет можно было подвести итог при желании подсчитать количество синапсов, причем считая со скоростью 1000 штук в секунду).