Роберт Оуэн назвал пять возможных мотивов преступления:
— месть ФСБ за обвинения со стороны Литвиненко в коррупции и убийствах (в том числе во взрыве жилых домов в 1999 году в Москве и в Волгодонске);
— месть ФСБ за предательство — работу на MI6 и возможные попытки завербовать Лугового;
— месть администрации Путина за сотрудничество Литвиненко с олигархом Борисом Березовским и чеченским полевым командиром Ахмедом Закаевым;
— месть администрации Путина за обвинения президента в преступлениях, включая взрывы домов;
— личная неприязнь Владимира Путина и месть за публичные обвинения в педофилии.
Судья Оуэн пришел к выводу, что не нашла подтверждений версия о том, что заказчиком убийства была «русская мафия». Он также сделал вывод о том, что личных мотивов для убийства ни у Лугового, ни у Ковтуна не было, они действовали по приказу ФСБ. Оуэн перечислил убийства в России политических оппонентов Путина, таких как журналистка Анна Политковская, лидеры связанной с «Либеральной Россией» Сергей Юшенков и Владимир Головлев, вице-президент Чечни Зелимхан Яндарбиев, и подозрительную смерть депутата Думы и журналиста Юрия Щекочихина, равно как и лидеров чеченских боевиков Ибн Хатаба и Лечи Исламова и близко связанного с Путиным и с петербургской оргпреступностью бизнесмена Романа Цепова (подозревают, что все четверо были отравлены). Были процитированы показания свидетелей, утверждавших, что операция, подобная убийству Литвиненко, не могла быть санкционирована без ведома главы ФСБ и, учитывая использование редкого яда, который сама ФСБ не производит, также и Владимира Путина, в чье ведение входят вопросы государственной безопасности. В то же время Оуэн оговорился, что не все свидетели могут считаться беспристрастными, но они могут учитываться комиссией, если они подтверждаются показаниями независимых свидетелей или экспертов.
В российском МИДе публикацию доклада Оэуна расценили негативно и заявили, что расследование обстоятельств смерти Литвиненко британскими следователями «имело ярко выраженную политическую подоплеку». Там также посетовали, что процесс «не являлся прозрачным ни для российской стороны, ни для общественности, учитывая специфику закрытого рассмотрения материалов под предлогом “секретности”». Дмитрий Ковтун утверждал, что все доказательства по делу об убийстве Литвиненко являются сфабрикованными. Андрей Луговой назвал обвинения в свой адрес абсурдными и настаивал, что выводы доклада Оуэна порождены «антироссийской истерией», начавшейся после событий 2014 года на Украине. После доклада Оуэна активы Ковтуна и Лугового на территории Соединенного Королевства были заморожены. Впрочем, нет никаких данных, что к началу 2016 года оба подозреваемых имели хоть какие-то активы в британской юрисдикции. Послу России в Англии Александру Яковенко было выражено «крайнее недовольство» действиями Лугового, Ковтуна и российских спецслужб. Тогдашний премьер-министр Великобритании Дэвид Кэмерон заявил, что доклад Оуэна «подтвердил уже существующие опасения действующего и предыдущего правительств». Выводы комиссии премьер назвал «вызывающими крайнее беспокойство», но предупредил, что правительству придется очень тщательно взвесить все данные в свете необходимости сотрудничества с Россией в борьбе с «Исламским государством».