В России власти также стремились причинить Березовскому максимальные неприятности. 2 июля 2007 года Савёловский суд Москвы приступил к слушаниям дела по заочному обвинению Березовского в хищении 214 млн рублей у авиакомпании «Аэрофлот». Борис Абрамович запретил своим адвокатам участвовать в заочном процессе, который он назвал «фарсом».
29 ноября 2007 года Березовский был заочно осуждён Савёловским судом Москвы на 6 лет лишения свободы за хищение 214 млн рублей у компании «Аэрофлот». Его признали виновным в хищении денежных средств ОАО «Аэрофлот» на общую сумму 214 млн рублей путём мошенничества (ч. 3 ст. 159 УК РФ) и легализации (отмывании) денежных средств, похищенных у ОАО «Аэрофлот» на сумму более 16 млн рублей (ч. 3 ст. 174 УК РФ). Березовский назвал этот приговор незаконным. В августе 2010 года Швейцария передала «Аэрофлоту» 52 млн долларов, по версии российской Генпрокуратуры похищенных у авиакомпании более десяти лет назад. Эти деньги находились на банковских счетах компании «Andava» и были арестованы в ходе расследования дела «Аэрофлота».
26 июня 2009 года Красногорский городской суд признал Березовского и Дубова виновными в хищении 140 млн рублей «ЛогоВАЗа» и «АвтоВАЗа» и заочно приговорил бывшего председателя совета директоров ОАО «ЛогоВАЗа» Бориса Березовского к 13 годам лишения свободы с отбыванием наказания в исправительной колонии общего режима. Бывший генеральный директор ОАО «ЛогоВАЗ» Юлий Дубов был заочно приговорён к 9 годам лишения свободы с отбыванием наказания в исправительной колонии общего режима. Оба были признаны виновными в мошенничестве и легализации денежных средств, приобретённых преступным путём (ч. 3 ст. 147 УК РСФСР (в ред. ФЗ от 01.07.1994 № 10-ФЗ) и ч. 3 ст. 174 УК РФ (в ред. ФЗ от 13.06.1996 № 63-Ф3). Суд также удовлетворил исковые требования о возмещении ущерба в размере свыше 58 млн рублей.
По версии обвинения, Березовский и Дубов в 1994 году организовали заключение договора между ОАО «АвтоВАЗ» и АОЗТ «ЛогоВАЗ» по поставке 20 тысяч легковых автомобилей ВАЗ различных моделей. Вопреки условиям договора оплата за поставленные автомобили не была перечислена. Следствие установило, что Березовский и другие участники созданной им группы присвоили полученные от реализации автомашин деньги в размере 144 млрд неденоминированных рублей. Приобретённые незаконным путём средства были использованы на приобретение акций АО «Общественное российское телевидение», ЗАО «Московская независимая вещательная корпорация», АОЗТ «Издательство “Огонек”» и вложены в недвижимость.