Перед смертью Пономарёв, по утверждению его родных в Лондоне, собирался встретиться с итальянскими следователями, которые изучали связи российских спецслужб с организованной преступностью Европы и Соединенного Королевства, и также планировал прийти на встречу с Литвиненко и итальянцем Марио Скарамеллой, которая состоялась 1 ноября 2006 в лондонском суши-баре Itsu.
Можно предположить, что Пономарев был штатным сотрудником одной из российских спецслужб (ФСБ, СВР или ФСБ), работавшим под прикрытием. В этом случае он мог собираться пойти на встречу с Литвиненко и Скарамеллой либо для того, чтобы продать им какую-то информацию, либо по приказу своего начальства. Теоретически Пономарев мог быть отравлен тем же ядом, что и Литвиненко, т. е. полонием-210. Но тогда он должен был получить значительно большую дозу, что и могло привести к быстрой смерти. С другой стороны, главу Комитета IMO по безопасности на море могли отравить и солями таллия, как простым, так и радиоактивными. Опять-таки, чисто теоретически, прилетевший в Лондон 27 октября Луговой мог отравить Пономарёва перед тем, как отравить Литвиненко. Однако нет данных, что Игорь Маратович посещал в день своего предполагаемого отравления те места в Лондоне, где в ходе следствия по делу об отравлении Александра Литвиненко были обнаружены следы полония. Также нет уверенности, что Пономарев действительно собирался встретиться с Литвиненко и Скарамеллой. Информация об этом была озвучена только после смерти Литвиненко.
Нельзя также исключить версию, что Пономарев был связан с какими-то международными мафиозными группировками, которых могли привлекать возможности его должности. Но мафия достаточно редко использует яды для устранения неугодных, предпочитая холодное и огнестрельное оружие, а также утопление, повешение и т. п. Британские правоохранительные органы не проводили расследования причин смерти дипломата, поскольку, по их словам, никто не обратился с просьбой о возбуждении такого расследования.
Александр Юрьевич Перепеличный тоже умер довольно странной смертью. Этот успешный в прошлом бизнесмен из России вместе с семьей эмигрировал в Англию в январе 2010 года и сотрудничал там с Биллом Браудером, основателем и генеральным директором инвестиционного фонда «Hermitage Capital Management», который в период с 1995 по 2006 год был крупнейшим фондом зарубежных инвестиций, действовавших на российском фондовом рынке. Перепеличный занимался в России финансовым консалтингом, руководил компанией «Baikonur», но разорился в результате финансового кризиса 2008 года, и у него остались немалые долги. Браудеру он помогал расследовать дело адвоката Сергея Магнитского, обвинившего российские власти в масштабных налоговых махинациях и умершего в 2009 году в СИЗО «Матросская тишина» при не проясненных до конца обстоятельствах. Перепеличный снабдил директора «Hermitage Capital Management» имеющейся у него информацией о хищениях российских бюджетных средств, а также предоставил властям Великобритании и Швейцарии информацию о заграничной судьбе миллиардов рублей, похищенных из российского бюджета. В том числе благодаря его сведениям было начато расследование об отмывании средств через банк Credit Suisse. Перепеличный передал швейцарской прокуратуре доказательства того, что чиновники из Министерства внутренних дел России присвоили с помощью фальшивых документов три дочерние фирмы инвестиционного фонда Hermitage Capital и осуществили незаконный возврат налогов. Речь идет о нескольких сотнях миллионов евро. Деньги отмывали через Швейцарию. Надежность переданных Перепеличным сведений подтвердил работающий в ООН профессор и «охотник» на мошенников Марк Пьет.