Новый конфликт возник на почве прокладки транссибирского трубопровода от района добычи нефти до границ России с выходом на мировой рынок. Здесь разошлись интересы Кремля и ЮКОСа. Кремль планировал конечной точкой нефтепровода порт Находку. Вопрос уже был обсужден на уровне правительств России и Японии и отвечал стратегическим интересам России. К тому же Япония готова была вложить в строительство солидную сумму. У ЮКОСа был другой план, а именно, до китайской границы. По протяженности это намного меньше, значит, и обойдется дешевле. Поэтому ЮКОС готов был вложить свои средства в строительство, справедливо считая, что оно быстрее окупится. Долговременные интересы страны ЮКОС мало интересовали. А ведь нефть — важный фактор экономической безопасности государства, и его прерогатива — контроль за маршрутами ее транспортировки. Тем не менее, Ходорковский всемерно лоббировал китайский проект через прессу, Госдуму и своих людей в правительстве. Все перечисленные факты взяты из книги В. Карташова [33]. Ходорковский оказался единственным олигархом (не считая эмигрировавших Березовского и Гусинского), не вписавшимся в новые правила игры, предложенные Путиным.
Кремль также был серьезно обеспокоен альянсом, сложившимся между ЮКОСом и американской компанией «Экссон-мобил», имели под собой почву разговоры о намечающемся их слиянии. А это уже несло угрозу национальной безопасности страны. В этом случае энергетика России оказалась бы в серьезной зависимости от американских партнеров. И Кремль начал действовать. Был арестован партнер Ходорковского по бизнесу Платон Лебедев — по обвинению в хищениях, мошенничестве и неуплате налогов. Но этот сигнал не подействовал на олигарха, он даже демонстративно заявил, что покидать Россию не собирается. Но вскоре состоялся «наезд» спецназа на личный самолет Ходорковского в Новосибирском аэропорту, откуда он был доставлен в следственный изолятор в Москве. Ходорковскому были предъявлены обвинения по семи статьям Уголовного кодекса. Мы не будем их перечислять, не в них дело. Того, что было перечислено, уже достаточно. Напомним лишь о волгоградских «взаимозачетах», которыми Путину довелось заниматься еще в бытность директором ФСБ. Напомним также, что делу тому не был дан ход по указанным уже причинам. Но ничего, услужливая российская Фемида изобретет другие дела, в том числе и те, что были перечислены выше. Что касается доказательной базы, то не будем гадать, насколько она оказалась фундаментальной, но примем во внимание, что адвокаты Ходорковского подавали многочисленные апелляции, в том числе в Страсбургский суд. С тех пор прошло достаточно времени, но пока Страсбург молчит. Напомним также, что «Международная амнистия» отказалась признать Ходорковского политзаключенным.