Еще более масштабная трагедия произошла в 2004 году в Беслане. Бандиты поспели как раз к концу торжественной линейки, приуроченной к началу учебного года в школе № 1. Незначительная часть детей и их родителей успела разбежаться. Остальных бандиты загнали в здание школы. Опасаясь газовой атаки, они выбили все стекла в окнах здания и забаррикадировали их. Пока милиция думала, что делать, бандиты успели заминировать все здание. В здании городской администрации начал работать оперативный штаб МВД и ФСБ. «Но никакого единого командования и плана действий не было» [41, стр. 479]. «К десяти часам утра в оперативный штаб прибыл президент Северной Осетии Александр Дзасохов. Он стал здесь главным лицом, но и он не знал, что делать» [там же]. В Беслан прибыли антитеррористические подразделения «Альфа» и «Вымпел». Все попытки выйти на контакт с террористами к успеху не привели. Лишь бывшему президенту Ингушетии Руслану Аушеву было дозволено пройти в здание школы. Пробыл он там совсем недолго, но вместе с ним террористы выпустили 11 женщин с грудными детьми и передали записку Путину от Басаева с совершенно неприемлемыми требованиями. Аушев передал ее в оперативный штаб. Ее содержание, естественно, тут же было передано Путину.
За время с 1 по 3 сентября бандиты успели расстрелять небольшое количество заложников из общего количества более 1100 человек. Они сами предложили, чтобы их тела были убраны со двора школы. К школе подъехал грузовик с четырьмя бойцами МЧС, которые начали грузить в него тела расстрелянных заложников. Неожиданно в это время (3 сентября в 13 часов 5 минут) внутри школы раздались два мощных взрыва, тут же из здания началась стрельба, оттуда же начали выбегать окровавленные заложники, которым стреляли в спину.
«В 13 часов 21 минуту в школе раздался третий взрыв, который обрушил часть крыши над физкультурным залом. Перестрелка усилилась и шла теперь с обеих сторон… Первыми на спасение детей бросились осетинские ополченцы… Начали стрельбу, прикрывая детей и ополченцев, бойцы «Альфы» и «Вымпела». Многие из них бросились спасать детей. Не все бойцы спецподразделений были в бронежилетах. Этим ожесточенным боем никто не управлял» [41, стр. 483]. В результате погибло 338 заложников, число раненых около 600 человек. «Служба ФСБ сообщила о гибели десяти сотрудников «Альфы» и «Вымпела». Это были самые большие потери за всю историю российских спецподразделений» [там же]. Из 32 террористов только один был захвачен живым, остальные были уничтожены. Этот захваченный террорист сразу же начал давать показания.