По счастью, к захваченному городу вскоре подоспел подполковник Михельсон с отрядом в тысячу человек гусар и карабинеров. Пугачёв выступил ему навстречу во главе толпы мятежников, достигавшей 25 тысяч. Но численное превосходство не смогло перевесить дисциплину и стойкость регулярных войск. Армия бунтовщиков была рассеяна. Река «Казанка была запружена мёртвыми телами; пять тысяч пленных и девять пушек остались в руках у победителя. Убито в сражении до двух тысяч, большей частью татар и башкирцев. Михельсон потерял до ста человек убитыми и ранеными. Он вошёл в город при кликах восхищённых жителей, свидетелей его победы».[385]
После победы под Казанью начался заключительный этап войны. Михельсон неустанно преследовал Пугачёва, который 18 июля перебрался на правый берег Волги и продолжал свои нападения на города и посёлки. «Переправа Пугачёва произвела всеобщее смятение. Вся западная сторона Волги восстала и передалась самозванцу. Господские крестьяне взбунтовались; иноверцы и новокрещённые стали убивать русских священников. Воеводы бежали из городов, дворяне из поместий; чернь ловила тех и других и отовсюду приводила к Пугачёву. Он объявил народу вольность, истребление дворянского рода, отпущение повинностей и безденежную раздачу соли».[386]
Но Михельсон со своим отрядом преследовал мятежников неотступно, разбивал их под Саранском, под Пензой, под Саратовым, под Царицыным. В августе Пугачёв переправился на левый берег Волги и пытался укрыться в калмыцких степях. Но его ближайшие сообщники, потерявшие надежду на победу, решили заслужить прощение от властей ценой предательства. В сентябре они схватили самозванца, связали его и отвезли в Яицкую крепость, где сдали офицером царских войск.
Пушкин подробно воссоздаёт разные этапы расследования, допросы Пугачёва и его соратников, перевозку «Петра Фёдоровича» в Москву и суд над ним. В приложениях к своему труду он отдаёт дань памяти замученных, включив в Примечания длиннейший (на 25 страниц) список повешенных, зарезанных, расстрелянных, утопленных, сожжённых.
Казнь была совершена 10 января 1775 года. «Пугачёв, сделав с крестным знамением несколько земных поклонов, обратился к соборам, потом стал прощаться с народом; кланялся на все стороны, говоря прерывающимся голосом: “Прости народ православный; отпусти, в чём я согрубил пред тобою, прости народ православный!” При сём слове экзекутор дал знак; палачи бросились раздевать его; сорвали белый бараний тулуп… Тогда он, сплеснув руками повалился навзничь, и вмиг окровавленная голова уже висела в воздухе».