Сооружение стартовых позиций и сборка ракет на Кубе шли полным ходом, американская разведка ни о чем не подозревала. В конце августа отправленная на Кубу группа специалистов из службы астрономо-геодезического обеспечения Ракетных войск стратегического назначения уже рассчитала координаты точек установки ракет Р-12 и спешно определяла азимуты для прицеливания ракет, предназначенных для удара по Соединенным Штатам.
19 сентября 1962 года ЦРУ предсказывало, что Советский Союз, скорее всего, разместит на Кубе базу подводных лодок. Впоследствии было изучено три с половиной тысячи донесений американской разведки, только восемь из них содержали намеки на размещение на острове ракет. Лишь новый директор ЦРУ Джон Маккоун что-то заподозрил. Это был результат простого умозаключения. Если советские военные разместили на Кубе так много зенитных ракет, то какие именно объекты они собираются прикрывать? Но в сентябре 1962 года Джон Маккоун женился и отправился на юг Франции наслаждаться медовым месяцем.
Агентурой на Кубе располагала французская разведка. Ее интересовали отношения Кастро с алжирскими повстанцами, которых обучали кубинские инструкторы. Французский резидент в Вашингтоне считал, что он первый представил американцам агентурную информацию о ракетах в Сан-Кристобале, после чего отправили разведывательный самолет У-2 обследовать этот район.
Советские ракеты на острове были обнаружены во время полета У-2 утром в воскресенье 14 октября. Аналитики легко опознали на фотографиях знакомые очертания. Доложили своему начальству, а в понедельник информировали советника президента по национальной безопасности Макджорджа Банди. Последующие тринадцать дней были самым опасным периодом в истории холодной войны.
16 октября о советских ракетах на Кубе доложили президенту Кеннеди.
Когда утром Банди приехал к Кеннеди, президент был в халате и тапочках:
— Г-н президент, мы получили фотографии, надежно свидетельствующие о том, что русские разместили наступательные ракеты на Кубе.
Первое заседание Совета национальной безопасности началось без десяти двенадцать. Кеннеди, познакомившись с фотографиями, потребовал решения. Предложение военных — нанести по советским ракетам упреждающий удар, затем высадиться на Кубе, чтобы полностью устранить угрозу.
Министр обороны Роберт Макнамара пояснил:
— Удар с воздуха надо нанести до того, как ракеты будут готовы к запуску.
— Если вы разбомбите Кубу, их аэродромы, самолеты, ракеты, — мрачно произнес Роберт Кеннеди, — вы убьете множество людей…
— Сколько времени нужно на подготовку вторжения на Кубу? — поинтересовался Джон Кеннеди. — Месяц? Два?