Важным пунктом таможенного досмотра для Сибири продолжало служить Верхотурье. Львиная доля российских товаров могла проходить через него туда и обратно беспошлинно, но, когда какой-нибудь из тех товаров вывозился за границу из европейской части России или Сибири, на них начислялись 13 процентов плюс дополнительный сбор в размере 5 процентов на содержание здания таможни на границе. Существовало несколько незначительных вариантов: вывозимая за границу сибирская пушнина облагалась традиционной десятиной в натуре плюс 13 копеек на рубль ее стоимости. С китайского и прочего иноземного товара, ввозившегося через Сибирь, теперь брали 10 копеек на рубль его стоимости вместо прежней десятины натурой плюс 13 процентов. Пушнину, доставляемую из Сибири в европейскую часть России для личного пользования купцов, все еще облагали натуральным налогом в размере десятины. Константин Николаевич Лодыженский, лучше всех разбиравшийся в российской тарифной структуре, обращал внимание на то, что взимание пошлин на пограничных постах и в портах все больше усложнялось и затруднялось. Происходило это главным образом в силу того, что новый дополнительный сбор рассчитывался в российской валюте, тогда как (согласно тарифу 1731 года) стандартные таможенные пошлины рассчитывали в золоте или ефимках. Вся таможенная структура нуждалась в пересмотре, так как уже существующая за два с лишним десятилетия устарела, а многие обычные ввозимые в Россию и вывозимые из нее товары в действующем перечне тарифов не указывались. Императрица Елизавета по своим воззрениям тяготела к более активным сторонникам государственного протекционизма, чем граф Андрей Иванович Остерман, который предложил прежний тариф.
Тем временем русская таможня на границе пережила некоторое укрепление и усовершенствование. По рекомендации сибирского губернатора Федора Ивановича Соймонова таможню в 1766 году перевели подальше от границы, чтобы убрать ее от зорких глаз дзаргучея и чтобы ответить на его накопившиеся уже жалобы по поводу взимания пошлин, считавшихся незаконными по условиям Кяхтинского договора. Взимание пошлин на китайские товары на протяжении многих лет раздражало китайцев. И они постоянно настаивали на том, что Кяхтинским договором категорически запрещались любые поборы. В конечном счете сбор таможенных пошлин перенесли в Троицкосавск, расположенный всего лишь в 4–5 километрах от Кяхты, зато на достаточном расстоянии от места возможных споров. После 1775 года таможню навсегда перевели в Иркутск.
Когда 23 августа 1754 года выпустили новый перечень должностных лиц таможенного ведомства, Кяхте предназначался самый широкий состав сотрудников во всем Забайкалье и один из самых значительных в Сибири: директор таможни, ее казначей, назначавшийся из числа российских купцов, бухгалтер, двое служащих канцелярии, четыре переписчика, один переводчик и два стражника. Два года спустя добавился второй директор на тот случай, чтобы передавать ему дела на время болезни первого. И хотя этого вслух никто не произносил, но надежда возлагалась на то, что два директора будут следить за суждениями и порядочным поведением друг друга. В дополнение к кадровым сотрудникам казначею полагался помощник, а еще четыре кладовщика (ларета) и восемь присяжных оценщиков, которых обычно выбирали из местных купцов. Таможенным службам в Кяхте, Верхотурье, Ямышеве и Семипалатинске Сибирского рубежа предписывалось составлять годовые и ежемесячные отчеты, в которых подробно перечислялись все прошедшие через них товары в обоих направлениях, а также все полученные с них пошлины.