Однако маньчжуры упустили из виду главную черту характера Амурсаны — его непостоянство и склонность к предательству. Опьяненному собственными успехами, ему претил вариант примирения, предложенный маньчжурами, по условиям которого его обещали признать в качестве хана хойтов (а ведь он явно замахнулся на ханство над всеми джунгарами). Такое предложение он отверг, и для согласования позиций ему приказали прибыть в Пекин. Он же предпочел удариться в бега. В сентябре 1755 года этот изворотливый и ненадежный союзник ускользнул от своего эскорта, состоявшего из маньчжурских всадников, чтобы снова заняться подготовкой мятежа. Сначала ему сопутствовал невиданный успех, так как основную часть маньчжурских войск уже вывели с территории Джунгарии. Беспомощный банди наложил на себя руки. Столкнувшись с полномасштабным восстанием, пекинские власти реагировали на зависть скоро. Они послали еще одну армию, и она разгромила мятежные отряды Амурсаны. Сам он бежал к киргизским казахам. Маньчжурские полки опять ушли, и Амурсана поднял точно такое же восстание. Маньчжурские каратели снова вернулись и силами двух армий под командованием Чжаохоя и Цзянгунчапуя взяли Джунгарию в огромные клещи. К тому же выживших главарей мятежников настигла эпидемия оспы. Теперь Амурсана бежал в Сибирь и в 1757 году умер от оспы в Тобольске. Своей кончиной Амурсана ознаменовал завершение затянувшейся череды схваток, терзавших народы Средней Азии на протяжении без малого столетия. В следующем году маньчжурские вояки разграбили земли калмыков, и Джунгария исчезла из летописи текущей истории. Название народа джунгары использовать запретили, а вместо него в обиход вошли термины «алеуты» или «ойраты».
Дело Амурсаны на этом не закончилось. Вместе с этим отступником границу Сибири пересекли четыре тысячи монгольских юрт, и, опасаясь того, что московиты, несмотря на опровержение Правительствующего сената, будут использовать их для ползучего укрепления своего влияния в Джунгарии, император Цяньлун потребовал выдачи ему Амурсану и его сторонников. Когда маньчжуры получили уведомление о смерти Амурсаны, у них возникли по этому поводу вполне понятные сомнения, и они начали настаивать на предъявлении им тела усопшего предводителя мятежников, чтобы собственными глазами удостовериться в данном факте. Забальзамированный труп Амурсаны отправили в Селенгинск, и там его в марте и апреле 1758 года осмотрели пограничные чиновники. По-прежнему не удовлетворенные вельможи в Пекине позже потребовали возвращения тела. У русских чиновников возникло предположение о том, что маньчжуры хотят выставить голову Амурсаны на шесте у государственной границы в назидание потенциальным мятежникам, чтобы те вовремя отказались от своей затеи. Возня вокруг тела Амурсаны осложняла китайско-российские отношения на протяжении еще некоторого времени. Как будто бы одной интриги было недостаточно, еще одна интрига громкого международного звучания одновременно сыграла свою роль в разрыве вполне дружественных отношений, налаженных в ходе пограничной торговли. В самый разгар вооруженного противостояния (1756–1757) и непосредственно из-за него многие вожди джунгар и прочих монгольских племен пытались найти убежище в России или просили его предоставить. В июльском и сентябрьском 1756 года донесениях сибирского губернатора В.А. Мятлева тот проинформировал Коллегию иностранных дел о больших толпах джунгар, просивших убежища на нескольких российских пограничных постах (Колывань, Бийск и проч.). Первое намерение в этой коллегии состояло в том, чтобы просто приказать В.В. Якоби выразить официальный протест китайским пограничным властям с указанием им на то, что этим беженцам нельзя было позволять приближаться к территории России. В этот момент и появилась самая серьезная угроза маньчжурскому сюзеренитету над Монголией.