Организация приграничной торговли одновременно в Кяхте и Цурухайтуе, составление пекинского обоза и охрана самого пограничного района выглядела делом настолько же сложным, а полномочия различных чиновников до такой степени налагались друг на друга в отсутствие рационального их распределения, насколько это было принято в центральном управленческом аппарате Российской империи. На самом высоком уровне политические решения (и во многих случаях решения по внешне мелким токованиям и методам осуществления государственной политики в целом) принимались Правительствующим сенатом или, пока он существовал с 1726 по 1730 год, Верховным тайным советом, уполномоченным решать данные вопросы без проволочек, что далеко не всегда получалось у Сената. Во времена правления царицы Анны Иоанновны (1730–1740) сановники ее кабинета зачастую подменяли Сенат точно так же, как до них это делали вельможи Верховного тайного совета, когда речь заходила о сибирских обстоятельствах или китайских делах. Всем этим трем органам государственного управления действия позволялось предпринимать после предварительного формального одобрения монарха или без него. Формальное одобрение обычно помечалось традиционной фразой владельца престола: «Быть по сему». По предметам судебного разбирательства Сенат выступал в качестве высшей апелляционной судебной власти и суда последней инстанции. Что же касается китайской торговли, то обычно Сенат имел дело с казнокрадством и злоупотреблением служебным положением со стороны должностных лиц Восточной Сибири либо нецелевым использованием положений государственной торговой монополии, предоставленной на откуп купцам-единоличникам. Таких случаев насчитывается совсем не много, но те решения, которые принимались непосредственно Сенатом, имели первостепенное значение для государства зачастую потому, что должны были служить в качестве примеров тем, кто пытался играть с государством в вольницу и испытывать терпение его добросовестных чиновников. Конечно же эти высочайшие государственные ведомства обычно таким образом реагировали на донесения или запросы подчиненных им учреждений. При подобном подходе организация торговли между Сибирью и Китаем очень скоро становится крайне сложным делом. Управление самой Сибирью осуществлялось посредством воссозданного с 1730 года Сибирского приказа до его отмены в 1763 году. В соответствии с указом о создании Сибирского приказа это ведомство подчинялось Сенату, и его полномочия с 1732 года распространялись на все сибирские дела, включая назначение генерал-губернатора. В 1719 году громадные просторы Сибири по ту сторону Урала поделили на две области — Тобольскую и Иркутскую. В обоих случаях регионам присвоили названия по крупнейшим городам соответствующих краев. Пермский край, большая часть территории которого располагается к западу от Уральских гор, тоже отнесли к Сибири. Селенгинск с прилегающими землями, которым прежде управлял енисейский воевода, присоединили к вотчинам Иркутска. Править этими территориями назначали вице-губернаторов, но оказалось, что толковых и подходящих по рангу сановников на такие посты отыскать просто невозможно, и в Иркутск во времена С.Л. Владиславич-Рагузинского поставили воеводу А.В. Измайлова, считавшегося рангом ниже, чем требовалось. Указом Коллегии иностранных дел от 8 ноября 1729 года сибирскому вице-губернатору И.В. Болтину предписывалось особо позаботиться о передаче воеводе Измайлову полномочий на выполнение договоров, недавно подписанных с китайцами, и на охрану приграничных торговых пунктов.