Несмотря на активизацию политиков в направлении окончания войны, боевые действия в Афганистане продолжались. В феврале-марте проходила крупная общевойсковая операция «Шквал» в провинции Кандагар, операция «Удар-2» в провинции Кундуз. В марте — операции «Гроза» в провинции Газни, «Круг» в провинциях Кабул и Логар. В апреле — общевойсковая операция в провинции Герат, операция «Весна» в провинции Кабул, тогда же была разгромлена база мятежников в провинции Нангархар. С апреля по июль продолжалась операция в районе Даджи, провинция Пактия. С мая по сентябрь проводились крупные общевойсковые операции «Залп» в провинциях Кабул, Логар, Пактия, «Юг-87» в провинции Кандагар.
С ноября 1987 по январь 1988 г. проводилась крупная общевойсковая операция «Магистраль» по деблокированию города Хост в провинции Пактия. В рамках данной операции 7—8 января 1988 г. произошёл оборонительный бой 9-й парашютно-десантной роты 345-го гвардейского парашютно-десантного полка за господствующую высоту 3234, расположенную над дорогой Гардез—Хост в районе афгано-пакистанской границы. 24 июня отряды оппозиции захватили центр провинции Вардак — город Майданшахр. В сентябре советские войска близ Майданшахра провели операцию по уничтожению базового района Хуркабуль. В июле моджахеды предприняли неудачную попытку взять административный центр провинции Забуль — город Калат. 7—8 августа моджахеды без боя взяли города Кундуз, Ханабад и Талукан. 10 августа произошёл крупный пожар артиллерийского склада в Пули-Хумри.
7 апреля 1988 г. в Ташкенте прошла встреча М. С. Горбачёва и М. Наджибуллы на которой были приняты решения по началу вывода советских войск из Афганистана. 14 апреля при посредничестве ООН в Швейцарии министрами иностранных дел Афганистана и Пакистана были подписаны Женевские соглашения о политическом урегулировании положения вокруг ситуации в ДРА. Гарантами договорённостей стали СССР и США. СССР обязался вывести свой контингент в 9-месячный срок, начиная с 15 мая; США и Пакистан, со своей стороны, должны были прекратить поддерживать моджахедов.
Первый этап вывода войск из Афганистана, начавшийся 15 мая, закончился 15 августа. За три месяца было выведено около 50% личного состава ограниченного контингента (50,2 тысяч человек).
К ноябрю 1988 г. провинции Бамиам, Пактика и Кунар полностью перешли под контроль моджахедов.
В январе 1989 г. проходила последняя войсковая операция советских войск в Афганистане — «Тайфун» в провинциях Парван, Баглар и Кундуз.
Завершающий этап вывода войск проходил с 15 ноября 1988 по 15 февраля 1989 г.