Арестован в ночь с 21 на 22 октября 1936 года в связи с «пулковским делом, приговорён 25 мая 1937 года по обвинению в шпионаже, вредительстве и организации заговора против советской власти к 10 годам тюремного заключения, конфискации имущества и высылке семьи. Находясь в Крестах, на клочках бумаги написал три новых работы — посвященных автоматической машине, теории больших планет и определению склонений. Расстрелян, вероятно, 15 сентября 1941 года в Орловской тюрьме, перед сдачей города немецким войскам. Реабилитирован в 1957 году.
В честь Нумерова назван лунный кратер и малая планета (1206) Нумеровия, открытая Рейнмутом 18 октября 1931 года в Гейдельберге.
Научная деятельность
Основные научные работы относятся к астрономии, небесной механике, геофизике. Занимался вопросами астрономического и гравиметрического приборостроения. Предложил новую программу наблюдений и новый метод обработки наблюдений на зенит-телескопе. Разработал теорию универсального инструмента и теорию фотографического пассажного инструмента, произвёл исследования по теории рефракции. Организовал вычислительные работы для «Астрономического ежегодника СССР», первый выпуск которого состоялся в 1921 году. По инициативе Нумерова была организована эфемеридная служба малых планет. Предложил для расчётов эфемерид малых планет оригинальный метод интегрирования дифференциальных уравнений небесной механики, названный им методом экстраполирования. Благодаря данному методу была вычислена точная эфемерида утерянного в 1923 году восьмого спутника Юпитера и он вновь был найден в 1930 году. В связи с проблемой создания каталога слабых звёзд, предложил в 1932 году план наблюдений избранных 10 малых планет для определения точки весеннего равноденствия и положения экватора для этого каталога. По этому плану на 19 обсерваториях разных стран с 1956 по 1975 годы было получено свыше 22 000 точных положений планет. Выполнил большую работу по внедрению маятниковых и вариометрических наблюдений для изучения колебаний верхних слоёв Земли. Под его руководством проводились гравиметрические во многих районах страны. Предложил метод численного решения дифференциальных уравнений (методд Нумерова), используемый по настоящее время.
Талантливый ученый, блестящий организатор и энтузиаст науки Б. В. Нумеров вовлек в арбиту своей многогранной деятельности способного томского студента Алексея Шкроева, и содружество это длилось с 1928 по 1936 год.
№40 Алексей Шкроев на университетских занятиях
Закончив писать заявление, будущий ассистент Индустриального института поднялся из-за стола, взял на руки кроху дочь и вышел с ней прямо и непосредственно в сад (