В марте 1892 г. И. А. Вышнеградский серьёзно заболел и 6 апреля император Александр III утвердил Ф. Г. Тернера управляющим министерством финансов (исполняющим обязанности министра). Фёдор Густавович оставался в этом положении 5 месяцев до 30 августа, когда министром финансов был назначен Сергей Юльевич Витте.
В сентябре 1892 г. Тернер покидает пост товарища министра финансов и назначается в 1-й департамент Сената.
В 1893 г. Тернер снова посетил Захонье, в гостях у него был протоиерей Лебедев, они о многом беседовали.
С 1895 г. — Тернер снова введён в состав Комитета финансов, а с 1 января 1896 г. он назначен членом Государственного Совета по Департаменту государственной экономии.
Присутствовал на коронации императора Николая II 14 мая 1896 г. в Москве.
«Лето (1897 года) мы провели по обыкновению в деревне Захонье, где нас постоянно посещали гости из Петербурга, между прочим Э. Д. Плеске, так что время проходило очень приятно», — писал Тернер.
11 января 1901 г. исполнилось пятидесятилетие служения Фёдора Тернера. Согласно Высочайшего рескрипту он был награждён орденом Александра Невского с бриллиантовыми украшениями. В рескрипте упоминалось о финансовых познаниях и знакомстве с крестьянским делом.
7 мая 1901 г. состоялось торжественное заседание Государственного совета в честь столетнего юбилея со дня его учреждения под председательством императора Николая II. Данное торжественное событие запечатлено на известнейшем полотне И. Е. Репина. На данном заседании присутствовал и Ф. Г. Тернер. Репин изобразил его в левой части картины.
С 1902 по 1905 гг. — Тернер в составе комиссии для рассмотрения вопроса о сельской промышленности под председательством С. Ю. Витте. С апреля 1906 г. Тернер возглавил 2-й департамент Государственного совета.
За время службы он дослужился до чина действительного тайного советника, то есть до чиновника II класса, что соответствовало на военной службе званиям полного генерала или адмирала. Лица, имевшие этот чин, занимали высочайшие государственные должности. Нужно отметить, что не каждый министр, особенно в начале своего пребывания в должности, имел данный чин.
Относительно своей служебной деятельности Тернер, со всей врождённой скромностью, писал так: «хотя мне и приходилось быть в сношениях с разными историческими личностями, я сам сколько-нибудь выдающейся роли в ходе исторических событий не играл».
Относительно деятельности Ф. Г. Тернера на государственной службе существует несколько оценок современников, которые весьма неоднозначны. Например, статс-секретарь А. А. Половцов писал так: