В составе штаба 2-й гвардейской пехотной дивизии принял участие в Русско-Турецкой войне 1877—78 гг. Участвовал в боевых действиях при Горном Дубняке, у Хан-Правец, при взятии Этрополя, при рекогносцировке Лютаковских укреплений и под Араб-Конаком. В период боевых действий получил ранение в ногу и был контужен. За боевые отличия награждён орденами св. Владимира IV ст. с мечами и бантом и св. Станислава II ст. с мечами.
В 1880—1881 гг. в журнале «Военный сборник» публиковались «Воспоминания о времени, пережитом с 2-й гвардейской пехотной дивизией в Турецкую войну 1877 года». Автором данных воспоминаний был полковник Виктор Аффанасович.
По окончании Русско-Турецкой войны служил в штабе войск гвардии и Петербургского военного округа, состоял для поручений при Главнокомандующем войсками гвардии и Петербургского военного округа великом князе Владимире Александровиче с 1884 по 1888 гг.
В период с 1888 по 1889 г. служил начальником штаба 1-й гвардейской пехотной дивизии, с 1889 по 1890 состоял управляющим удельным императорским имением «Массандра» в Крыму. В период с 1892 по 1895 являлся командиром 95-го пехотного Красноярского полка. 19 апреля 1895 г. после присвоения звания генерал-майора, Аффанасович был назначен помощником начальника штаба войск гвардии и Петербургского военного округа.
В 1901 г. Виктор Константинович назначен командиром 22-й пехотной дивизии. В 1902 г. ему присвоено звание генерал-лейтенанта. После начала Русско-Японской войны с 1904 г. во главе своей дивизии Аффанасович принимает участие в военных действиях в Манчжурии, где с 21 по 27 сентября участвовал в наступлении против японцев. Бойцы 22-й пехотной дивизии отличились в боях за безымянную сопку при реке Шахэ, которая после взятия была названа Новгородской, так как дивизия дислоцировалась в России на территории Новгородской губернии.
С 28 по 30 сентября 1904 г. командовал отрядом из 85-го пехотного Выборгского и 87-го пехотного Нейшлотского полков и 3-й батареи 6-й артиллерийской бригады, был в бою под Хамытаном. По болезни эвакуирован в Петербург и впоследствии состоял в распоряжении начальника Главного штаба и военного министра, состоял председателем военно-исторической комиссии по описанию Русско-Турецкой войны 1877—78 гг.
Генерал-лейтенант Виктор Константинович Аффанасович за время военной службы был награждён российскими орденами вплоть до ордена св. Станислава I ст., а также несколькими иностранными, в том числе австрийским орденом Франца-Иосифа I ст., французским орденом Почётного Легиона и другими.