На деле, однакож, выходило по другому — Феодор никакого внятного распоряжения относительно наследника не сделал — поэтому формально и по факту правителем России считалась царица Ирина, вплоть до того определённого момента, когда вопрос о престолонаследии будет разрешён. Ирине присягнули, но сама царица поступила вперекор воле покойного супруга — через девять дней после смерти Феодора Иоанновича она отъехала в Новодевичью обитель, где и постриглась в монахини, приняв в иночестве имя Александры.
Таким образом, государство российское осталось без главы и боярская Дума, по примеру Речи Посполитой, захотела было назначить исполнителем властным патриарха, однако Иов заявил категорически, что волен править не иначе как именем принявшей постриг Ирины. Не добившись от патриарха согласия, бояре вознамерились передать власть «Совету из бояр и князей», о чём и сообщил собравшимся перед дворцом людям дьяк Щелкалов. Народ в ответ выкрикнул имя Ирины, а на замечание Щелкалова о том, что Ирина де ушла в монастырь, единодушно воззвал на царство Бориса Годунова, который, к удивлению в сём казусе свидетелей присутствующих, отказался. Годунов заявил, что взойдет на престол единственно по решению Земского собора.
Собор был созван в феврале 1598 года и Борис, избранный на нём царем, венчался на царство 1 сентября 1598 года. При нём Степана Гордеевича жалуют чином думного дворянина. По вступлении в Москву Самозванца, Петровский находился среди тех, кто безоговорочно признал истинное происхождение царевича и целовал крест, клянясь тому в верности. За это Дмитрий даровал Петровскому звание окольничего.
Царствование Самозванца, яркое и короткое, запомнилось бракосочетанием Димитрия и Марины Мнишек, прениями относительно вторичного крещения, строительством нового дворца, установлением посреди города котла, извергающего из недра своего огня, вонючих дымов и ужасающих чудовищ, образованием придворной гвардии, состоящей из трёх рот иноземных наёмников под командованием Якова Марджорета, Альберта Лентона и Матвея Кнутсена, нежеланием спать после обеда, пристрастием к устраиванию различных воинских забав и учений, наказанием политических противников и возвращением из ссылок жертв прежнего режима, реорганизацией Боярской Думы в Сенат и облегчением крепостного бремени.
Он правил одиннадцать месяцев и был убит в ночь на 17 мая 1606 года. В ту роковую для него ночь вооруженные заговорщики, численностью около двухсот человек, возглавляемые Василием Шуйским, ворвались в царские покои с намерением умертвить Самозванца. Димитрий тщится оказать сопротивление, но не найдя сабли, пытается бежать. Его настигают и ловко подсекают клинком по ноге. Димитрий прыгает в окно, расшибается и остается лежать на земле. Там его обнаруживают заговорщики и жестоко убивают. Боярский сын Григорий Валуев стреляет в Самозванца из мушкета, прочие рассекают тело Димитрия саблями. Обезображенный труп волокут поначалу на площадь, потом к Вознесенскому монастырю, а затем помещают на Лобном месте, где три дня непотребно над ним издеваются. Останки Самозванца свозят за город и хоронят в общей могиле. Но и здесь он не находит упокоения. Вскоре по Москве распространился слух, будто дух убиенного царя исходит из могилы и пугает проходящих. Закапывают останки глубже, однако это мало помогает. Призрак возникает вновь и вновь. Тогда прах Димитрия сжигают, пепел заряжают в пушку и выстреливают им в направлении Речи Посполитой.