Позже профессор Ф. Рюйш сопровождал Петра I во время экскурсии по ботаническому саду в Амстердаме, давая различные пояснения, рассказывая о диковинных и лекарственных растениях.
Находясь в Европе, Петр I неоднократно посещал госпитали и анатомические театры Лейдена и Амстердама. В 1698 г. он слушал лекции Ф. Рюйша по анатомии, и тот объяснял царю строение человеческого тела по изготовленным им самим анатомическим препаратам. Царь видел, как профессор препарировал труп, давая разъяснения студентам, даже сам принимал непосредственное участие в проведении вскрытия, осматривал вместе со студентами коллекцию забальзамированных препаратов. В Лейдене он посещал медицинского светилу того времени профессора Бурхаве, был в его анатомическом театре и присутствовал вместе с учениками профессора при вскрытии трупа.
В те годы у молодого царя появилась идея приобретения анатомической коллекции, но ни Рюйш, ни Бурхаве не спешили расстаться со своими «сокровищами».
Позже, в 1717 г., по императорскому велению одна из многочисленных коллекций анатомических препаратов была приобретена для России и составила основу кунсткамеры – собрания редкостей. Некоторые историки считали данную коллекцию Ф. Рюйша потерянной и утраченной навсегда. Однако она до сей поры является частью экспозиции в Кунсткамере Санкт-Петербурга и насчитывает 900 препаратов. Ряд препаратов из приобретенной Петром I анатомической коллекции также хранятся в Военно-медицинской академии в Санкт-Петербурге и в Казанском медицинском институте, куда были в свое время переданы студентам для изучения.
Бытует мнение, что ученый открыл молодому Петру свой способ бальзамирования. Но это не соответствует действительности. Сам Ф. Рюйш никогда не публиковал полностью свою технологию и состав применяемых консервантов.
Во время пребывания в Амстердаме Петр сумел сделать несколько небольших операций на конечностях и поассистировать врачам при больших полостных операциях.
В 1707 г. в Москве начал работать первый отечественный госпиталь, при котором была госпитальная школа и анатомический театр. С большим искусством и любовью Петр лично пускал больным кровь, лечившимся в госпитале. Для проведения операций царь привез из Голландии набор хирургических инструментов, в котором находились и клещи для выдергивания зубов.
Помимо анатомии и хирургии царь проявлял большой интерес к стоматологии. Знакомясь с достопримечательностями Амстердама, Петр со свитой посетил городской рынок, где был поражен умением одного цирюльника удалять больные зубы. Тот дошел до такого совершенства, что рвал зубы с помощью различных подручных средств. Он пускал в ход все, что попадалось под руку, будь то черенок ложки или конец шпаги. Заинтересовавшись этим мастерством, Петр попросил цирюльника продемонстрировать ему свое искусство. Тот счел для себя за честь преподать русскому царю несколько уроков. И вскоре Петр уже не уступал в навыках своему учителю. Чтобы закрепить свое умение, он начал заниматься этим ремеслом. В гостиницу, где проживал Петр, стали приходить голландцы, страдающие зубной болью. Отказов страждущим не было. Российский царь очень искусно рвал им зубы, да и еще платил за это по шиллингу, к большому удовольствию страждущих. До сих пор в Кунсткамере хранится мешочек с зубами, лично удаленными Петром у голландцев.