В результате в первых числах февраля очищенная от всего, что к ней было прикручено, верхняя палуба из двухдюймовых досок начала сниматься, чтобы облегчить доступ мастеровым к помещениям ютовой и баковой надстроек.
Кают-компания и офицерские каюты переносились на место кормового минного аппарата и склада мин, с очередным уменьшением размеров. Осложнялось это дело еще тем, что как раз между ними планировалось устроить конвейер подачи 120-мм патронов, поскольку складировать боезапас непосредственно под орудием, без какого-либо прикрытия броней, способной защитить хотя бы от осколков, означало сознательно устраивать на борту пороховую бочку, способную рвануть в любой момент. В самой же кормовой надстройке после установки подкреплений и фундамента станка орудия все оставшееся свободное место планировалось отдать под матросский кубрик.
По старой русской кораблестроительной традиции, вместо запланированных двух месяцев, работы велись все два с половиной. Причем впоследствии матросы были вынуждены самостоятельно исправлять множество мелких недоделок. Но на русском флоте к этому привыкли со времен Петра Великого, и потому хоть и ругались на мастеровых, но умудрялись доводить все до нужной кондиции. Также, в соответствии со все той же традицией, модернизация привела к серьезному увеличению веса. После установки обоих орудий и загрузки доставленного из Франции боекомплекта сухой вес минного крейсера увеличился на одиннадцать с половиной тонн, что незамедлительно сказалось на скорости корабля и дальности хода. Чтобы хоть как-то компенсировать перевес, пришлось полностью отказаться от орудийного щита для кормового орудия и смириться с сокращением количества топлива. Свободное место для угля, конечно, оставалось, вот только с полной загрузкой «Лейтенант Ильин» мог дать не более восемнадцати узлов при форсированном дутье даже после полной переборки машин и чистки котлов. И это на самом лучшем угле! Носовое же орудие изначально планировалось оставить без щита, поскольку, возвышаясь над палубой, оно едва не перекрывало весь обзор находящимся в ходовой рубке. Будучи же оборудованным щитом, оно гарантированно скрывало от рулевого какой-либо вид прямо по курсу корабля. Перестраивать же рубку и приборы управления сочли долгим, затратным и потому излишним.
Ситуацию с перегрузом частично мог решить отказ от третьей части боекомплекта, но оставлять всего по сто снарядов на орудие, имеющее техническую скорострельность в двенадцать-пятнадцать выстрелов в минуту, никто не решился. И так боекомплект в сто пятьдесят унитаров был признан минимально допустимым.