Несчастная Жозефа часто болела и проводила дни на минеральных источниках Бадена. Во время эпидемии оспы в 1767 году она заразилась болезнью в тяжелой форме и умерла в течение нескольких дней. Мария Терезия, полная сострадания, сидела в последние часы возле постели молодой женщины, при этом сама заразилась оспой и была так близка к смерти, что приняла Святое причастие.
Невест для сыновей найти было все-таки проще (эрцгерцог Леопольд II женился на дочери испанского короля Карла II Марии Людовике Испанской), чем женихов для дочерей.
Старшая дочь императрицы эрцгерцогиня Мария Анна, была калекой. После перенесенной в детстве тяжелой пневмонии она страдала одышкой и деформацией позвоночника. Внимание матери было сосредоточено на сыновьях, поэтому девочка очень сблизилась с отцом, который приобщил ее к занятиям наукой. Она систематизировала обширные коллекции, собранные Францем, написала книгу по нумизматике, увлеченно занималась музыкой, прекрасно рисовала. Ее рисунки и акварели высоко оценили знатоки, и она стала почетным членом Академий изящных искусств Вены и Флоренции. Однажды она посетила небольшой монастырь и это определило ее жизнь: Мария Анна стала настоятельницей монастыря для благородных девиц и дам в Праге.
Вторая дочь, Мария Элизабет, была настоящей красавицей и кокеткой. При дворе не сомневались, что ей предстоит блестящая партия, возможно, с одним из царствующих монархов. Императрица отказала бывшему королю Польши Станиславу Понятовскому, рассчитывая, что ее красавица найдет более достойную пару. Надежды вскоре сосредоточились на овдовевшем короле Франции Людовике XV. Казалось, это был отличный шанс закрепить французско-австрийский альянс, заключенный Кауницем.
Но сенью 1767 Мария Элизабет тоже заболела оспой. Рассказывали, что девушка попросила зеркало, чтобы в последний раз увидеть свое красивое лицо. Мария Элизабет не умерла, но ее лицо было обезображено болезнью, так что все женихи разбежались. А король Франции подослал придворного художника, который должен был написать ее портрет, после этого все приготовления к свадьбе были отменены. Несчастная девушка испробовала все лекарства и мази, но, в конце концов, смирилась с тем, что останется незамужней. Мария Терезия предложила ей единственный возможный вариант — церковь. Мария Элизабет стала аббатисой в Инсбруке, но так и продолжала жить в императорском дворце Хофбург, в качестве настоятельницы «Ордена для пожилых дам».
Когда Иоганна Габриэла, которая была помолвлена с Фердинандом, младшим сыном испанских Бурбонов, умерла от оспы в возрасте 12 лет, Мария Терезия поспешила вместо нее обручить с Фердинандом другую дочь, Марию Йозефу.