«Да, о странном появлении и заказе Неизвестного Моцарт выражал даже иные, весьма диковинные мысли, а когда его пытались отвлечь от них, он замолкал, так и оставаясь при своем». Первый биограф композитора Ф. Немечек приводит слова Моцарта неизвестному адресату на итальянском языке, вероятнее всего либреттисту Лоренцо да Понте в Триест: «…моя голова раскалывается, разговариваю с трудом и не могу отогнать от глаз образ неизвестного, постоянно вижу его перед собой, он меня умоляет, торопит, с нетерпением требует от меня работу. Продолжаю, потому что сочинение мне менее утомительно, нежели праздность. Впрочем, мне нечего опасаться. По всему чувствую: час пробил; я готов умереть; я кончил прежде, чем воспользовался своим талантом. Жизнь была столь прекрасна, карьера начиналась при столь счастливых предзнаменованиях, но изменить собственную судьбу нельзя. Никому не измерить своих дней, нужно смириться. Пусть будет то, чего желает провидение… Кончаю, передо мной моя погребальная песнь. Не могу оставить ее незавершенной».
Две последние фразы этого письма относились, разумеется, не к Реквиему, а к опере «Волшебная флейта»: «Марш жрецов» и «Увертюру» к спектаклю он закончил после возвращения из Праги, то есть к 28 сентября 1791 года.
По случаю премьеры 30 сентября в Вену из Бадена приехали Констанца и Зюсмайер. Спектакль состоялся у Э. Шиканедера в его народном театре в предместье Фрайхауса. Моцарт был у пульта и вдохновенно дирижировал оркестром. Опера «Волшебная флейта», особенно ее вторая часть, прошла с успехом. И далее, с каждой новой постановкой популярность спектакля возрастала. Констанца и Зюсмайер сразу же после премьеры «Волшебной флейты» вновь вернулись на целебные воды в Баден. В октябре Моцарт фактически был предоставлен самому себе. Даже за месяц до гибели он придерживался прежнего распорядка: так же был предельно насыщен работой каждый его час, день, а самочувствие, аппетит и сон в середине октября, судя по двум письмам к жене, казались нормальными. Он фактически примирился с ее связью с Зюсмайером, что явствует из письма к Констанцы от 14 октября 1791 года: «…делай с NN, что хочешь». Это было последнее известное исследователям письмо, написанное Моцартом за полтора месяца до кончины, в котором нет и намека на болезнь.
Осень 1791 года выдалась для Моцарта продуктивной, но тяжелой. Музыкант был в долгах, напряженно работал над многочисленными заказами, чтобы расплатиться, все чаще жаловался на недомогания, и не только в письмах кредиторам.
Последний раз в обществе Вольфганг Моцарт появился 18 ноября 1791 года. На освящении нового храма «Вновь увенчанная надежда» великий композитор дирижировал своей «лебединой песней» — небольшой кантатой «Громко возвестим нашу радость». 20 ноября он слег и больше уже не вставал с постели. Сначала у композитора опухли руки, затем ноги, затем все тело. Его мучили приступы рвоты, появились жар и сыпь. Моцарта лечили видные венские врачи — Томас Франц Клоссет и Маттиас фон Саллаба. Болезнь первоначально определили как острую просовидную лихорадку, впоследствии говорили о лихорадке ревматической, доктора не были уверены в диагнозе.