И в постели Моцарт продолжал работать над заказанным «Реквиемом», пел из него отрывки с дежурившими при нем музыкантами и женой Констанцей, давал указания ученику Францу Ксаверу Зюсмайеру на случай, если сам не успеет закончить произведение. Рядом с кроватью композитора лежали часы — по ним он мысленно следил за действием оперы «Волшебная флейта», которую давали в венском театре.
После некоторого улучшения Моцарту резко стало хуже вечером 4 декабря. Срочно вызвали Клоссета, он назначил ледяные компрессы. По словам свояченицы композитора Зофи Хайбель, бывшей при нем в последние дни, эти компрессы только усугубили состояние Моцарта, и около часа ночи 5 декабря он умер. По свидетельствам многих очевидцев, Констанца в состоянии полной невменяемости бросилась на постель умершего мужа, желая заразиться и умереть вместе с ним.
Тело раздулось и быстро разлагалось. Старший сын композитора Карл Томас впоследствии вспоминал: «Вокруг стоял смрад, вызванный внутренним разложением, который после его смерти стал еще более сильным…» Домочадцы заподозрили отравление. Версия быстро вышла за пределы семейного круга, к примеру, 12 декабря 1791 года в некрологе берлинской «Музыкальной еженедельной газете» значилось: «Он вернулся домой из Праги больным и с той поры слабел с каждым днем: полагали, что у него водянка, он умер в Вене в конце прошлой недели. Так как тело после смерти сильно распухло, предполагают даже, что он был отравлен». Тем не менее, вскрытие не проводилось. Когда это врач или патологоанатом боялись трупного смрада настолько, чтобы лишиться возможности установить истину? Все выглядит так, будто правду кто-то стремился скрыть. Моцарт умер 35 лет от роду, оставив жену с двумя маленькими детьми, скудными финансами и большими долгами. С утра в дом усопшего пришел барон Готфрид ван Свитен — известный меценат, знавший композитора более 20 лет. В биографии Моцарта, которую писал второй муж Констанцы — датский дипломат Георг Николаус Ниссен, — с ее слов рассказано, что ван Свитен уговорил убитую горем вдову пожить у знакомых и взял организацию похорон на себя. Погребение назначили на следующий день, хотя по обычаю гроб с телом должен был 48 часов стоять открытым в приходской церкви, чтобы исключить мнимую смерть — летаргический сон. Дальше история становится еще страннее.
Хоронили Моцарта по третьему, низшему разряду (за 8 гульденов 56 крейцеров плюс 3 крейцера за перевозку), «так как ван Свитен, — по словам Ниссена, — заботился о максимальной экономии для семьи». 6 декабря тело композитора перенесли в часовню собора Святого Стефана, где под звон колоколов состоялся краткий заупокойный обряд. Затем на катафалке Моцарта отвезли в предместье Вены на кладбище Святого Марка.