По распоряжению свыше австрийские газеты писали о смерти наследника глухо и невнятно, хотя за границей вовсю смаковались подробности трагедии в Майерлинге, зачастую искаженные самым невероятным образом. В первые дни февраля 1889 года между Веной и папским престолом шли интенсивные переговоры о том, чтобы позволить похоронить Рудольфа — убийцу и самоубийцу — по католическому обряду. На этих переговорах в ход был пущен весь арсенал политических ухищрений, граничащих с шантажом. В конце концов злополучный наследник был, как и остальные Габсбурги, погребен в склепе церкви Капуцинов. Изуродованную выстрелом голову венчала белая повязка, кое-как прикрытая траурными венками.
На похоронах сына Франц Иосиф словно окаменел — но в последний момент не выдержал, рыдая, припал к гробу Рудольфа, после чего поднялся и, опустив голову, быстро вышел из склепа. Знал ли он о строках из письма кронпринца матери, в которых тот признавался, что «недостоин быть его сыном»? Что творилось в душе императора в день похорон и позже, когда он размышлял о трагической судьбе Рудольфа? Была ли это лишь скорбь, или к ней примешивались другие чувства — недоумения, вины (в конце концов он, Франц Иосиф, принес обязанности отца в жертву делам монарха), а может быть, даже обиды? Ведь, исходя из суровой династической логики, Рудольф своим самоубийством предал семью, отца и себя самого, поскольку предпочел печальную свободу отчаявшегося человека обязанностям члена династии Габсбургов, которым полностью подчинил свою жизнь император. О Рудольфе как будто забыли. До 1918 года в Австро-Венгрии считалось дурным тоном вспоминать о злосчастном наследнике. Только потом, когда государство Габсбургов перестало существовать, о кронпринце и Майерлинге стали много говорить и писать. Но качество значительной части этих «свидетельств» и «воспоминаний» часто наводило серьезных историков на мысль о том, что иногда молчание и забвение действительно являются благом…
Через полгода после трагедии баронессе-матери разрешили вернуться в Вену, император принес ей извинения. На могиле Марии появились, наконец, надгробие и надпись: «Здесь лежит Мэри, баронесса фон Вечера, родившаяся 19 марта 1871 года, скончавшаяся 30 января 1889 года. — „Как цветок выходит человек и вянет“. Книга Иова, XIV, 2». В конце Второй мировой войны несколько могил на этом кладбище были вскрыты, вероятно, в поисках ценностей, в том числе и могила Марии. Позже захоронение было восстановлено, но на этом злоключения останков девушки не окончились. В 1992 году исследователь-любитель Хельмут Флатценштайнер выкрал кости и череп Марии, чтобы провести собственное расследование. Полиция нашла злоумышленника, он попал под суд и выплатил большой штраф. В третий раз Марию Вечера похоронили в надежно защищенном гробу.