В 1526 году войска Сулеймана Великолепного вторглись в Венгрию. Междоусобицы внутри правящего класса страны облегчили победу турок, и 29 августа цвет венгерской конницы был уничтожен на поле Мохача, а столица Буда капитулировала. Бежавший после разгрома у Мохача молодой король Людовик II погиб. Как было отмечено ранее, после его смерти Чехия (с Моравией и Силезией) и Западная Венгрия отошли к Габсбургам.
После этих трагических событий турецкая экспансия на юго-востоке Европы приняла устрашающие размеры. В 1529 году османские полчища подступили к стенам Вены, однако защитникам города удалось отбить оба штурма, предпринятые турками. Но в 1541 году османы взяли столицу Венгрии — Буду, которая оставалась под их властью более 140 лет.
Князья-протестанты объединились в союз, с которым шла настоящая война, закончившаяся случайной, нечаянной победой Карла V. Император сам множил число своих врагов. Саксонского курфюрста Иоганна Фридриха Саксонского, прозванного Великодушным, он вначале приговорил к смерти, затем под давлением своих приближенных сохранил пленному курфюрсту жизнь, но отнял у него все владения и передал их герцогу Морицу Саксонскому. Ландграф Гессенский, женатый на дочери Иоганна Фридриха, активно заступался за тестя и был по приказу Карла брошен в тюрьму. Герцогу Ульриху Вюртембергскому император приказал на коленях молить о пощаде. Возможно, именно пережитые унижения, а не военный разгром, заставили протестантских вельмож вновь вернуться к мысли о сопротивлении и мести надменному монарху. Одним из немногих благородных поступков Карла V той поры был отказ, которым он ответил на предложение герцога Альбы выкопать из могилы тело Лютера и сжечь его. «Оставьте его в покое, — ответил император, — у него теперь другой Судья. Я воюю с живыми, а не с мертвыми».
Войны, религиозные диспуты, распри, борьба с реформаторами церкви, с германскими князьями — не только это определяло действия Карла в последние годы его правления. Карл V был неординарной личностью, и движения его души определялись не только характером военного и политического противостояния в империи. К пятидесяти годам (для XVI столетия — почтенный, почти старческий возраст), 30 из которых он провел на троне империи, Карл безмерно устал. Изменчивость фортуны, постоянное чередование побед и поражений приводили его, человека глубоко религиозного, к мысли о том, что его дело, быть может, не является делом Божьим, если Господь не позволяет ему добиться окончательной победы над врагами. Не исключено, что эти соображения подтолкнули Карла к решению, невиданному в истории европейских монархий со времен римского императора Диоклетиана, — отречению от престола.