Император со своими терпимыми и гуманистическими взглядами оказался, с одной стороны, совершенно одинок, а с другой — недостаточно силен и политически изощрен, чтобы найти возможное решение сложнейшей задачи — долговременного сохранения единства и мира в империи. Осудив решение Папы отлучить от церкви английскую королеву Елизавету I (1570), а затем столь же резко отозвавшись о Варфоломеевской ночи — резне гугенотов в Париже в августе 1572 года, Максимилиан II окончательно испортил отношения с Римом. Призывы к сдержанности, с которыми он обращался к Филиппу, затеявшему войну с «еретиками» в Нидерландах, привели к новому австро-испанскому охлаждению. Делу не помогла даже женитьба Филиппа на одной из дочерей Максимилиана, Анне Австрийской, наконец-то подарившей испанскому королю наследника.
На протяжении всего своего относительно недолгого царствования Максимилиан II балансировал между католиками и протестантами, миром и войной, единством и хаосом. Его попытка расширить владения Габсбургов провалилась: претензии Максимилиана на польский трон остались неудовлетворенными, польская шляхта предпочла Стефана Батория. Единственной политической задачей, которую императору удалось успешно решить, стало сохранение за Габсбургами императорской короны: в 1575 году его старший сын Рудольф был коронован римским королем.
Осенью 1576 года Максимилиан созвал очередной рейхстаг в Регенсбурге. Тяжело больной, он еще успел произнести перед участниками имперского съезда речь, в которой в очередной раз призвал князей и сословия к согласию, порядку и миру. Закончив последнюю фразу, император потерял сознание, и слуги вынесли его из зала. Агония продолжалась несколько дней. Набожная императрица Мария в слезах умоляла мужа собороваться и исповедаться, как подобает доброму католику. «Мой исповедник — на небесах», — ответил Максимилиан. Так он и умер, унеся в могилу загадку своей подлинной веры.
Историческая память человечества отличается странной избирательностью, и кровавых тиранов люди порой помнят дольше и почитают сильнее, чем правителей-гуманистов. Неудивительно, что в историю Максимилиан II вошел как доброжелательный, но слабый чудак, «странный» или «загадочный» император, облик которого теряется, с одной стороны, в тени великого предка — Карла V, а с другой — в зареве уже относительно недалекой Тридцатилетней войны.
Так закончилось восхождение династии Габсбургов к вершине своего могущества.
Впереди было множество событий: войны, победы и поражения, революции, реформы, браки, рождения и смерти, убийства и самоубийства.