Похороны Максимилиана состоялись в Праге, только через пять месяцев, 20 марта 1577 года, и… завершились грандиозным скандалом, в котором многие современники услышали мистические нотки. Во время прохождения процессии по Староместской площади знаменосец уронил штандарт. Древко ударилось о мостовую, в торжественной тишине раздался резкий звук, весьма похожий на выстрел. Буквально в доли секунды вспыхнула настоящая паника, и все бросились искать спасения в окрестных домах и переулках. Молодой Рудольф, всеми покинутый, остается в одиночестве и страхе у гроба своего отца. Не правда ли, странное знамение в самом начале правления? Долгие часы Рудольф безуспешно умолял образумиться парализованных от страха сановников. Возможно, у протестантов возникли ассоциации с недавней Варфоломеевской ночью в Париже, когда католики вырезали тысячи гугенотов?… Мир, в котором вдруг оказался молодой Рудольф, был полной противоположностью его предыдущего окружения. В Чехии преобладали некатолики, впрочем, только в количественном отношении. Католиков же хотя и было меньше, зато они были хорошо организованы. В Вене находилась королева, вдова Мария, строгий католицизм которой ни в чем не уступал ее испанскому происхождению. И это служило опорой для католиков в Праге, представлявших собой весьма монолитную группировку. Их центром стал Пернштейнский дворец на Градчанской площади. Его владелец, известный чешский дворянин Вильям из Пернштейна, во время своей дипломатической миссии в Испании женился на Марии, урожденной Манрике де Лара. Вокруг этой фанатичной католички объединилось дворянское католическое общество, и при участии испанского посла и папского нунция строились козни против некатоликов. Поликсена, молоденькая дочь Пернштейна, далеко не из религиозных побуждений вышла замуж за старого и больного Вильяма из Рожмберка, богатейшего чешского магната и фанатичного католика. Когда Вильям из Рожмберка умер, на молодой красивой вдове женился другой член «испанской» католической партии Чехии — Зденек Войтех Попел из Лобковиц. И снова далеко не из религиозных побуждений. В качестве приданого Поликсены он получил имение Роудницена-Лабе, и, кроме того, этот брак помог ему после поражения сословного восстания попасть на вершину политической власти и войти в доверие к Габсбургам. Целью Габсбургов, всецело опиравшихся на католическую церковь, была в тот период рекатолизация всех подвластных им земель.
Как и повсюду, в Чехии надежными помощниками контрреформации стали иезуиты. Члены ордена, основанного отставным испанским офицером Игнатием Лойолой, начинали очень незаметно. Они учредили в Праге колледж — Клементинум (ныне здесь находится университетская библиотека), и их школа пользовалась хорошей репутацией. Подтверждается это и тем, что сюда стали посылать детей и некатолики. Однако со временем иезуиты печально прославились тем, что они насильно заставляли некатоликов принять «истинную веру».