«По своему собственному убеждению, — писал Браге, — и следуя советам посвященных, я не считаю нужным раскрывать секретов Искусства толпе, ибо лишь несколько человек способны воспользоваться его могуществом в благих целях».
Так же как многие врачи были астрологами, астрологи в свою очередь практиковали медицину. Так делал Коперник, и нет ничего удивительного в том, что Браге изобрел собственный Эликсир, который широко продавался как средство от эпидемий, опустошавших тогда Германию. Император, зная о существовании этой драгоценной панацеи, пытался выспросить у Браге секрет ее изготовления. В ответ Браге послал императору длинное письмо с описанием процесса изготовления лекарства, умоляя его сохранить сию формулу в тайне и использовать ее лечебные свойства исключительно в личных целях. Рецепт назывался Венецианской Патокой и состоял из нескольких последовательных химических операций: в получившуюся жидкость добавлялись либо тонко измельченные кораллы, либо сапфиры, либо гиацинты и растворенный жемчуг, но лучше всего — питьевое золото. А чтобы сделать секретное средство панацеей от всех болезней, каковые только могут быть вылечены с помощью лекарств, следовало смешать его с сурьмой.
В 1599 году солдаты и беженцы с венгерского фронта турецкой войны принесли в Богемию чуму, и вскоре город на берегах Влтавы пал жертвой страшной эпидемии. Рудольф, терзаемый суеверным страхом смерти, бежал с несколькими приближенными в Пльзень, где оставался около девяти месяцев. Тихо Браге, направлявшийся в Прагу, получил тревожные известия о множестве смертей в Богемии и переждал эпидемию в Германии. Он оставил своих жену и дочерей на попечение своего верного друга князя Генриха Рантзау в замке Вандесберг недалеко от Гамбурга и взял с собой только своих сыновей, нескольких учеников, а также самые необходимые астрономические инструменты. По прибытии в Прагу он был радушно принят императором, который предоставил в его распоряжение замечательную резиденцию, назначил ежегодную стипендию в размере трех тысяч крон, пообещал передать в его безраздельное пользование обширное имение и позволил распоряжаться Бельведером, «замком удовольствий» Фердинанда, как обсерваторией. В просторных залах именно этого красивого здания размещалась кунсткамера, и историк Сватек говорит, что быстро растущая коллекция вскоре вытеснила Браге из дворца. Место совершенно не подходило для обсерватории — когда это выяснилось, император предоставил астроному на выбор несколько замков. В конце концов был выбран замок Бенатек, расположенный недалеко от Праги, возведенный на холме и позволяющий безо всяких помех созерцать открытое небо.