Перед тем как обосноваться на новом месте, Браге послал Тенгнагеля забрать его жену и дочерей из Гамбурга, а также привезти инструменты, оставленные в Германии, и написал Давиду Фабрициусу, Лонгомонтанусу, Джону Кеплеру и некоторым студентам, бывшим хорошими математиками, приглашая их помочь в организации школы астрономии и химии.
Вскоре замок Бенатек наполнился людьми: семья Тихо Браге, множество слуг, учеников, помощников, старых друзей астронома, желавших разделить с ним радость новоселья, а также профессоров европейских университетов, явившихся засвидетельствовать свое почтение первому астроному Европы. Все эти гости сидели за столом гостеприимного хозяина, наслаждаясь дорогими винами и изысканными блюдами.
Работа нашлась для каждого: юному Георгу Браге, прилежному студенту-химику, было поручено заведовать постройкой лаборатории; Лонгомонтанус следил за движением Луны и ее фазами, Кеплер изучал Марс, в то время как Тенгнагель, жених Елизаветы Браге, был занят изучением исключительно земной «Венеры». К сожалению, Браге обладал холерическим темпераментом: он был крайне упрям и раздражителен, к тому же на тот момент ему было уже пятьдесят четыре года, в то время как Кеплеру, его одаренному ассистенту, было всего двадцать девять. Горячая ссора, вспыхнувшая между учителем и учеником, разрушила мир в замке, в результате Кеплер покинул обсерваторию. Другим серьезным ударом стало желание императора, который приказал знаменитому датчанину переехать в Прагу и обосноваться поближе к императорскому дворцу, дабы консультировать его величество по вопросам астрологии и обучать премудростям астрономии. Браге перевез свои инструменты на Градчаны, а сам переехал к своему другу Куртиусу, где возобновил свои научные занятия. Но, несмотря на благожелательность и либеральность императора и доброту своих друзей, он чувствовал себя чужим на чужой земле: не зная местного языка, он часто сталкивался с затруднениями, и его душевная тоска в конце концов подорвала его телесное здоровье. 24 октября 1601 года Тихо Браге скончался. Император приказал похоронить гениального астронома с подобающими почестями в главной церкви Праги, Тайнкирхе, где до сих пор сохранилась медная мемориальная доска.
Великолепная коллекция книг и инструментов Браге была выкуплена у его наследников за двадцать тысяч талеров, из которых лишь четыре тысячи были выплачены немедленно, а двенадцать лет спустя еще двадцать три сотни были заплачены обедневшей к тому времени семье, вынужденной покинуть Богемию в связи с обстоятельствами, сильно отличавшимися от тех, что привели их в Прагу. Восемнадцать лет спустя после смерти Тихо Браге его астрономическая обсерватория была частично разрушена, частично переоборудована под другие нужды.