Келли сблизился с Джоном Ди в 1582 году. Ди пытался разговаривать с ангелами через хрустальный шар, но безуспешно, однако способности Келли на этом поприще впечатлили знаменитого мистика настолько, что Эдвард стал его ближайшим помощником. Следующие семь лет они провели буквально бок о бок. Примерно через год после знакомства с Ди, Келли показал тому книгу по алхимии, «The Book of Dunstan», и некий красный порошок. Он полагал, что из порошка можно изготовить эликсир, который позволит ему превращать в золото другие металлы. Говорится даже, что он несколько раз демонстрировал свое могущество, в том числе в Богемии, где он и Ди прожили несколько лет.
В 1583-м Ди познакомился с польским дворянином по имени Альберт Лаский, который интересовался алхимией, и в сентябре того же года Ди и Келли вместе с семьями оставили Англию, отправившись с Ласким на континент. Ди хотел обрести покровительство императора Рудольфа II в Праге и польского короля Стефана в Кракове, но заинтересовать высоких особ ему не удалось — много лет они переезжали с места на место, кочуя по Европе, и даже подвергались преследованию со стороны католической церкви, обвинявшей оккультистов в некромантии. В итоге, в 1586 году Келли и Ди поселились в Тршебоне под покровительством богатого чешского графа Вилема Рожмберка, разделявшего интерес Келли к алхимии.
В 1589 году Ди и Келли рассорились, Ди с семьей вернулся в Англию, и больше они не виделись. Келли отправился в Прагу и присоединился к императорскому двору. В семье, однако, ходили слухи, что Теодор, сын Ди и его второй жены, на самом деле был сыном Келли. С именем знаменитого англичанина связана еще одна тайна из жизни Рудольфа II. Джон Ди, стремясь получить от императора разрешение свободно уехать из Праги в Англию, якобы продал ему зашифрованную рукопись с многочисленными цветными иллюстрациями, известную ныне как манускрипт Войнича.
Во всем мире фамилия Войнич знаменита прежде всего благодаря этому таинственному манускрипту. Однако в Советском Союзе она была известна как фамилия автора «Овода» — литературного произведения из школьной программы. Этель Лилиан Войнич Буль, автор книги, и была женой Вильфрида Войнича, а помимо этого, дочерью Джорджа Буля, изобретателя названной его именем булевой алгебры.
Войнич родился в 1865 году в Каунасе в семье мелкого чиновника, закончил Московский университет, получив специальность химика, и присоединился к движению «Народная воля». Переехав в Варшаву, он стал одним из организаторов побега из тюрьмы двух бывших членов «Народной воли», приговоренных к смерти. Побег провалился, а Войнич с другими заговорщиками был арестован. Войнича сослали в Иркутск, откуда ему через три года удалось бежать. Он добрался до Лондона, где спустя некоторое время женился на Этель Лилиан, также участвовавшей в левом движении. К началу XX века Войничи отошли от революционной борьбы. Вильфрид переквалифицировался в книготорговца, и в этом качестве и снискал себе славу.