После смерти Войнича книга перешла по наследству его жене, а после ее смерти досталась секретарю Вильфрида и подруге Этель Войнич Энн Нилл. Та продала книгу торговцу Хансу Краусу. Ему не удалось перепродать манускрипт и он передал его в дар Йельскому университету, в библиотеке которого книга сейчас и хранится.
Манускрипт представляет собой книгу форматом 6 на 9 дюймов и примерно один дюйм в толщину. Страницы и обложка книги сделаны из пергамента. На самой обложке нет никаких надписей или рисунков. Текст написан с использованием неизвестного алфавита. Почти на каждой странице — рисунки (многие из них подписаны) неизвестных растений, обнаженных женщин, созвездий, переплетения труб и сосудов, по которым течет жидкость. Ни рисунки, ни алфавит текста манускрипта не встречаются ни в одной другой книге (если только это не современная копия или подражание манускрипту Войнича). Большинство рисунков цветные. Текст не поддается расшифровке до сих пор. В книге есть символы, созданные не в системе письма основного текста, однако и их смысл непонятен. Единственные разборчивые надписи, сделанные на латинице, — это обозначения знаков Зодиака на рисунках и подпись Якоба Хорчицки (Jacobus Horcicky), одного из владельцев книги.
Книга состоит из 204 страниц, однако манускрипт, купленный Войничем, был неполон — часть его была утеряна. Помимо этого, некоторые страницы пропали позже — вероятно, в то время, когда умер Войнич. Предположительно, на сегодняшний момент в книге не хватает 28 страниц, Часть страниц имеет формат, отличающийся от стандартного, такие страницы сложены по горизонтальной или вертикальной линии сгиба. Некоторые страницы пронумерованы, скорее всего, не автором, а одним из более поздних владельцев книги.
В соответствии с темами рисунков книгу принято разделять на несколько частей: «ботаническую», с рисунками растений, в большинстве своем не известных науке (эта часть составляет почти половину книги); «астрономическую», проиллюстрированную изображениями Солнца, Луны, звезд и знаков Зодиака;
«биологическую», в которой собраны рисунки обнаженных женщин, находящихся внутри странных систем сосудов, заполненных жидкостью; «космологическую», с круговыми рисунками неизвестного содержания; и «фармацевтическую» часть, с нарисованными емкостями, около которых находятся рисунки различных растений и краткий текст, предположительно рецепты. Манускрипт был найден вместе с сопроводительным письмом, написанным в 1665-м или 1666 году. Письмо было подписано ректором Пражского университета Иоганном Марци и адресовано его другу и учителю Атанасиусу Кирхеру, известному ученому, жившему тогда в Риме. Марци писал, что его близкий друг передал ему необычную книгу, написанную на неизвестном языке. Он просил Кирхера расшифровать эту книгу, поскольку, по его мнению, Кирхер — единственный, кто на это способен. Марци также писал, что книга принадлежала королю династии Габсбургов Рудольфу II, который считал, что она написана Роджером Бэконом.