Итак, происхождение и авторство манускрипта Войнича неизвестно. Первые упоминания о манускрипте относятся к его появлению в Праге во время правления короля Рудольфа II. Вильфрид Войнич считал, что манускрипт был продан Рудольфу алхимиками Джоном Ди или Эдвардом Келли, хотя факт их обладания книгой не подтвержден.
Первым точно установленным владельцем книги был упомянутый выше Якоб Хорчицки. Он служил химиком, лекарем и алхимиком при дворе Рудольфа II, и его подпись можно увидеть на первой же странице. Как книга попала к нему, пока не выяснено. Еще одним точно установленным владельцем книги является упомянутый в письме Марци «близкий друг». Первоначально им считали Дионисия Миссерони, ювелира из знаменитой в то время миланской династии, который действительно был дружен с Марци. Однако позже, после изучения переписки Кирхера, установили, что им является чешский алхимик Георг Бареш. После смерти Бареша книга и попала в руки Марци. Несмотря на то, что из письма Марци явствует, что он посылает Кирхеру книгу для расшифровки, нет точного свидетельства того, что книга дошла до Кирхера.
Начиная с момента написания письма Марци Кирхеру и до того времени, когда книга была найдена в иезуитском владении, расположенном на вилле Мондрагоне, ее точное местонахождение не установлено, хотя есть все основания полагать, что книга попала-таки к Кирхеру, который затем передал ее иезуитам. В 1912 году иезуиты, владевшие виллой, решили ее отреставрировать. Средства на реставрацию было решено получить за счет продажи части коллекции из примерно тысячи старинных манускриптов. Войнич конкурировал за право их приобретения еще с одним человеком, имя которого неизвестно, и выиграл. Всего он приобрел около тридцати книг. При этом одним из условий сделки было неразглашение информации о том, у кого были куплены книги. Войнич действительно сохранил эту информацию в тайне.
А жизнь Келли при императорском дворе складывалась замечательно. В своих опытах перед императором Келли пользовался скорее ловкостью своих рук и хитростью, нежели познаниями в металлургии, а молва и сплетни раздували его эфемерные успехи, как ветер раздувает пламя, и о нем в Праге знали все. Рудольф выплачивал ему огромное жалованье как придворному алхимику и пожаловал ему обширные земли. Он возвеличил этого интригана и шарлатана, провозгласив его рыцарем Богемского Королевства. Королевский патент, датированный 23 февраля 1590 года, провозглашал сэра Эдварда Золотым Рыцарем (Eques Auratus). Разрабатывая свои схемы алхимических трансмутаций, чтобы обмануть императора, Келли создал собственный рецепт, который сочетал в себе простоту, безопасность и оригинальность. Он заявил своему покровителю, что должен совершить проекцию августейшими руками самого императора; что он, Келли, не притронется к тиглям, углям и ингредиентам и даже не будет ассистировать своему господину в поддержании пламени в атаноре. Келли сконструировал большой деревянный ящик, достаточно крепкий, чтобы выдержать алхимический аппарат. В одном из отделений этого ящика он спрятал своего брата, который был весьма мал ростом и худощав, а также умел расположиться в самом ограниченном пространстве. Когда наступил день великого опыта, тяжелый ящик был по приказу Келли внесен в императорскую лабораторию, и из него доверенные алхимики Рудольфа извлекли тигли, щипцы, кузнечные мехи, уголь, а также глет, кристаллы сульфида мышьяка, буру и соль, необходимые для эксперимента. Рудольф, для которого эта работа не была в новинку, приступил к церемонии, и по его указанию пламя было разожжено до белого каления, а затем, как было условлено, все покинули лабораторию, дабы духи, которых призвал сэр Эдвард, могли свободно проявить свою волю. После того как император лично запечатал двери лаборатории, младший Келли выбрался из своего укрытия, разбил тигель, швырнул в него пригоршню золотых слитков, еще сильней раздул мехами пламя, а затем возвратился в ящик. В указанный час королевские слуги распечатали дверь, вошли в лабораторию и обнаружили, что в ней ничего не изменилось. Пламя продолжало гореть с необычайной силой, но вскоре после того, как дверь была открыта, угасло; тигель был разбит тяжелым молотом, а на дне его лежало несколько сияющих золотых слитков, восхитивших свидетелей. Император был теперь уверен, что в лице Золотого Рыцаря он созерцает чудо, а сам Келли сумел оценить блестящие конспиративные умения своего брата. При первой представившейся возможности деревянный ящик был возвращен в дом Келли, и узник был освобожден из этой своеобразной камеры.