С Рудольфом II связано и возникновение еврейских общин в Праге. Большой интерес у Рудольфа вызывала каббала — таинственное еврейское философско-религиозное учение. В эту эпоху возникли многие легенды и предания, ставшие частью культурной истории Праги и придавшие ей таинственный, мистический оттенок. Позднее многие из этих легенд были переработаны чешскими и немецкими авторами и получили широкую известность. Средневековое еврейское гетто в Праге может похвастаться своим эпосом.
Древнее предание гласит, что евреи жили на месте сегодняшней Праги с незапамятных времен. Когда в Богемию пришли кельты, прекрасный еврейский город был разрушен, а жители изгнаны. В 730 году княгиня Либуше предрекла, что однажды на берега Влтавы явится «маленький угнетенный народ, верящий в одного-единственного бога. Будущий король должен принять этих людей благосклонно, ибо с ними в нашу страну придет благодать».
Не прошло и ста лет со дня предсказания, как в Чехию явилась целая еврейская община, которая бежала из Киевской Руси. Помня о словах Либуше, тогдашний князь-язычник взял несчастных под защиту. Те же, в свою очередь, пообещали быть ему верными подданными. На левом берегу Влтавы евреям предоставили место для строительства города. Они много трудились, богатели, старались жить тихо, несмотря на бури, бушевавшие в Средние века. Тогда-то в Богемии и стали распускать сплетни о евреях. За сплетнями следовали кровавые погромы. Жители прятались от них в Староновой синагоге — старейшей в Европе. Ее стены выложены из камней иудейского молитвенного дома, который стоял на этом месте еще при кельтах. Говорят, во время первого пожара шпиль синагоги облюбовали два голубя, улетевшие только тогда, когда огонь был потушен. С тех пор за Староновой закрепилась репутация духовного центра евреев. В ней когда-то венчался Мордехай Майзель, самый популярный персонаж всех историй, личный банкир императора Рудольфа, получивший несметные богатства в награду за честность и милосердие. На его средства вымостили грязные улочки, построили красивую ратушу, ритуальную баню, богадельню, сиротский дом и две синагоги, одну из которых назвали в его честь. Он родился в 1528 году в нищей еврейской семье, но сумел разбогатеть за счет торговли и банковского дела, так что богатство позволило ему заниматься благотворительностью. Он стал одним из важнейших людей в городе и финансовым советником императора Рудольфа II. Говорят, в жену Мордехая, красавицу Эстер, император был влюблен. Однако она рано умерла, лишив надежды и без того невеселого императора и оставив без семьи Майзля, который после этого целиком посвятил себя меценатству. Именем Майзля названа улица в еврейском квартале Праги и синагога. Пожалуй, никто и никогда не сделал столько для своих единоверцев, сколько сделал Мордехай Маркус Майзель. По поводу смерти Майзеля ходили разные слухи. Кто-то верит, что в еврейском квартале спрятаны сокровища банкира, которые он не успел потратить. Другие говорят, что он раздал все и умер нищим. Впрочем, фактов о нем сохранилось меньше, чем легенд.