Рудольф, как Фауст, в одиночку, на свой страх и риск, погружался в бездны тайнознания, подвергая угрозе спасение собственной души.
Другая его черта — стремление к интеллектуальному единству разобщенной в религиозном отношении Европы, желание преодолеть эту разобщенность приверженностью ренессансным гуманистическим идеалом. От природы исключительно богато одаренный, превосходно образованный, но трудный в общении, импульсивный, порывистый, даже мятущийся — и вдруг неожиданно твердый и неизменный в своих принципах, поэтому его характер ускользает от жестких нормативов поведения, предписанных законами аристократического мира императору Священной Римской империи.
Рудольф II — последний из властителей Европы, стремившийся сохранить при своем дворе идеалы ренессансного, точнее, постренессансного гуманизма, хотя и трансформированного, но все же основанного на свободной, открытой культуре и уникальной для того времени религиозной терпимости.
В той Европе, которая шла к Тридцатилетней войне, Рудольф действительно должен был чувствовать себя грустно и неуютно. Он старался поддерживать мир между католиками и протестантами, что не соответствовало «духу времени». Эта верность более всего выражалась в особой расположенности к духу знания, интеллектуальным усилиям. Рудольф видел гибель ренессансного мира искусства и науки и пытался укрыть этот мир под сенью своего скипетра, и сам он находил в этом мире приют и защиту от разочарований, горестей и меланхолии.
Сам император понимал неосуществимость гармонии на Земле и надеялся лишь на то, что обретет ее после смерти. Перед смертью он сказал горстке людей, оставшихся верными ему до конца: «Дорогие друзья, когда в юности я был отозван из Испании, чтобы вернуться на родину, я ощутил такое счастье, что всю следующую ночь не мог сомкнуть глаз. Как же не радоваться мне сейчас еще сильнее, возвращаясь на небесную родину, где нет более ни разлуки, ни печали, ни воздыхания?» Не знаю, обрел ли он покой и гармонию после смерти, но в Европе действительно ему делать было уже нечего, ибо настало время политики, войн, торговли и науки на службе у всего этого. А император-маг ушел в прошлое, став удивительной сказкой, такой странной и загадочной для тех, кто живет в наше время…
Как написал один из современных историков, «император скрывался от печальной действительности в другие миры, будь то таинственный мир науки или прекрасный мир искусства. В этом и состоит непреходящее очарование этого талантливого человека».
Рудольфа II похоронили в пражском соборе Святого Вита. Он стал последним монархом, погребенным в Праге: остальные Габсбурги, начиная с мятежника Маттиаса, лежат в склепе церкви капуцинов в Вене.