Черепанов принял решение развернуться и вновь двигаться к Ташкургану. Утром 25 мая после артиллерийской подготовки, сопровождаемой авианалетом с аэродрома САВО, красноармейцы ворвались в город. Бои продолжались двое суток. В ходе его были израсходованы почти все снаряды. Неприхотливые русские горные трехдюймовки разогрелись от интенсивной стрельбы настолько, что у двух из них вырвало стволы, а в стволах «максимов» вода превратилась в пар. Два орудия и несколько пулеметов вышли из строя, не выдержав интенсивной стрельбы. Город трижды переходил из руки в руки, но в итоге мятежники были вынуждены отступить.
Победа досталась советско-афганскому отряду большой ценой — погибло 10 командиров и красноармейцев, еще 30 было ранено. В рядах союзников — афганцев было убито 74 человека, ранено — 117.
Вскоре поступила радиограмма, что двигавшиеся с юга из Кандагара на Кабул сторонники Амануллы, потерпели поражение. Теперь, учитывая условиях враждебного отношения со стороны местного населения, в продолжении операции не было смысла. 28 мая 1929 года штаб САВО отдал приказ отряду о возвращении на родину. В течение нескольких дней этот приказ был выполнен.
По результатам операции более 300 ее участников были награждены орденом Красного Знамени, а остальные — ценными подарками. В документах воинских частей она значилась как «операция по ликвидации бандитизма в южном Туркестане». Какие-либо другие упоминания о ходе ее проведения были засекречены.
Укрепление реакционного правительства, засевшего в Кабуле, привело к обострению на границах советской Средней Азии. Многочисленные басмаческие банды, действовавшие в советском приграничье, обосновались на афганской стороне. Там они набирались сил, получали снабжение от британских спецслужб и зализывали раны, полученные в боях с советскими пограничниками и частями РККА.
Али Авзаль-хан — псевдоним Александра Ивановича Черепанова, одного из командиров частей РККА, участвовавших в афганском походе 1929 года
В связи с этим, в штабе САВО разрабатывались новые планы по борьбе с режимом Бачаи-Сакао (эмира Хабибуллы). Один из вариантов предусматривал возвращение к власти Амануллы при сохранении независимости Афганистана, другой — создание на севере страны отдельной республики с дальнейшим присоединением ее к Советскому Союзу. Реализации этих планов помешало изменение политической ситуации. В октябре 1929 года (через 9 месяцев правления) эмир Хабибулла был свергнут бывшим военным министром правительства Амануллы-хана — Мухаммадом Надир-Ханом. Тот объявил себя королем и создал новую династию, правившую в Афганистане до 1973 года.