Новые власти не возражали против того, чтобы советские власти очистили север Афганистана от басмаческих банд, сильно донимавших местное население.
В конце июня 1930 года советские войска вновь вошли на территорию Афганистана. Это были части сводной кавалерийской бригады под командованием Якова Мелькумова, перед которыми была поставлена задача — выявить и уничтожить гнезда басмачей на афганской территории, лишить их экономической базы, истребить кадры. Видные курбаши Ибрагим-бек и Утаи-бек, были предупреждены о приближении Красной Армии своими агентами в приграничье. Они отказались принять в бой и бежали и ушли в горы. В отчете о ходе операции значилось: «Нашим частям не пришлось встретить организованного сопротивления. Они ликвидировали отдельные шайки до 30–40 джигитов, отдельных басмачей, эмигрантов и их активных пособников. Всего было уничтожено 839 человек, среди них глава религиозной секты, идейный вдохновитель басмачества Пир Ишан, курбаши Ишан Палван, Домулло Донахан. Взорвано до 17 тысяч патронов, взято до 40 винтовок, сожжен весь эмигрантский хлеб, частично угнан и уничтожен скот. Сожжены и разрушены кишлаки Актепе, Алиабад, а также другие кишлаки и кибитки в долине реки Кундуз-Дарья на протяжении 35 км. При этом населенным пунктам, занятым местными афганцами, урон не наносился. Командиры частей строго следили, чтобы в ходе операции не причинялось вреда хозяйству и имуществу коренных жителей, не затрагивались их национальные и религиозные чувства. Местное афганское население отнеслось к Красной Армии хорошо, выделяло проводников, предоставляло за оплату продовольствие и фураж. Наши потери: утонул при переправе 1 красноармеец, ранены 1 красноармеец и 1 комвзвода».
По сообщениям командиров, многие красноармейцы, особенно артиллеристы, были даже разочарованы походом, так как им не довелось пострелять.
Цели операции были достигнуты, активность басмачей в приграничных районах снизилась, уменьшилась угроза нарушения спокойной мирной жизни народам среднеазиатских республик Советского Союза.
Дальнейшая судьба Афганистана сложилась довольно печально. Первый король Афганистана — реформатор Аманулла-хан, который так и не был понят своим народом, отрекся от престола и окончательно покинул Афганистан. Вместе с родственниками, захватив изрядную сумму государственных средств в иностранной валюте, золото, драгоценности, он бежал в Индию, а оттуда выехал на Запад. Умер Аманулла-хан в Швейцарии в 1960 году. Похоронен в одной из мечетей Джелалабада, где покоятся его отец и жена. Ибрагим-бек был захвачен в 23 июня 1931 года отрядом краскома Мукума Султанова и расстрелян.