Вслед за частями Советской армии, на афганскую сторону вошли подразделения КГБ СССР, в том числе — пограничных войск. В целях упреждения диверсионных и террористических актов против СССР 80-километровая зона приграничных районов Афганистана отводилась под контроль Пограничных войск КГБ СССР Впоследствии на стратегически опасных и ключевых направлениях вероятного движения противника, были размещены блокпосты, сводно-боевые отряды и десантно-штурмовые группы погранвойск. Для обеспечения воздушной поддержки наземных войск, снабжения штаба оперативной информацией и других боевых целей применялась авиация Пограничных войск Краснознаменных Среднеазиатского и Восточного округов.
Для легендирования военнослужащие сводно-боевых отрядов поначалу носили форму Советской армии.
Довольно-таки быстро они, как и «армейцы» оказались втянуты в гражданскую войну, разгоравшуюся на территории ДРА. Уже к концу 1980 года пограничники были вынуждены проводить масштабные операции по ликвидации банд душманов, угрожавших советскому приграничью.
В 1981 году руководством КГБ СССР было принято решение о создании в афганском приграничье сплошной зоны безопасности вдоль всего советско-афганского участка государственной границы. Изначально глубина этой зоны составлял 15 км. Для создания этой «буферной» зоны была привлечена группировка пограничников численностью до 2,5 тысяч человек.
В следующие два года операции против душманских группировок стали проводиться на регулярной основе, с привлечением крупных сил и средств, Например, в ходе операции по вводу войск в северную часть провинций Тахар и Кундуз, проводившейся в январе-феврале 1982 года, от пограничных войск было задействовано 6 мотомангрупп (ММГ) и десантно-штурмовая маневренная группа (ДШМГ). Кроме того, в операции участвовали подразделения 201-й мотострелковой дивизии мотострелковый и танковый взвод с артиллерийской батареей и 2 пехотных батальона 20-й афганской дивизии.