Сенат собрался потребовать от сторонников Цезаря трибунов Марка Антония и Кассия снятия вето на решение о прекращении полномочий Цезаря с момента, установленного законом. Трибуны отказались и вынуждены были бежать к Цезарю. Сенат дал консулам чрезвычайные полномочия, чтобы подавить смуту. Помпей и Цицерон добились объявления Италии на военном положении. Командовал армией Помпей, которому подчинялись четыре проконсула.
Цезарь решил упредить приготовления Помпея и сената, успев предпринять решительные шаги еще до того как официальное известие о решениях, направленных против него, было широко распространено. Имея в распоряжении только 5000 солдат, он перешел реку Рубикон и неожиданно захватил стратегический центр Аримин; Антоний одновременно захватил Арреций. Послам сената Цезарь обещал к моменту сложения полномочий очистить провинцию и уйти в Иллирию (если Помпей отправится в Испанию), но продолжал набор войска. Второе посещение посланцев сената принесло предложение Цезарю триумфа и консульства. Но предварительно требовалось освободить захваченные города и распустить армию. Попытка Цезаря организовать встречу с Помпеем была блокирована сенатом ввиду опасности договоренности двух полководцев, после которой власть сената оказалась бы ничтожной. Тогда Цезарь сделал новый ход – захватил Анкону и Пизавр. Помпей, не уверенный в двух своих легионах и не рассчитывающий на выучку новобранцев, покинул Рим и вместе с сенатом отправился в Капую. Запланированное им наступление на Пицен было упреждено Цезарем, который захватил город, чей гарнизон перешел на его сторону.
Поддержка Цезаря населением Италии побудило Помпея искать поддержки на Востоке – там, где помнили его триумфы. Но сенаторы предпочли оставить казну в Риме и отказались следовать за Помпеем. Сенаторы обещали ему казну за поддержку гарнизона Корфинии. Но Помпей готовился к обороне за стенами Брундузия.
Цезарь не заставил себя долго ждать.
Осада прекратилась после успешного маневра Помпея, который вместе с войском на кораблях покинул Италию. Рим к тому времени уже был в руках сторонников Цезаря. Казна также оказалась в его руках.
Стратегия Цезаря состояла в том, чтобы разбить в Испании 7 старых легионов Помпея, а не гнаться за Помпеем на восток. Цезарю также угрожали Катон в Сицилии и Вар в Африке. По пути в Испанию в Галлии Цезаря задержала Массилия, осаждать которую он оставил три легиона. У города Илерды он маневрами заставил сторонников Помпея покинуть свой укрепленный лагерь, обошел их и принудил к сдаче. На обратном пути он принял сдачу Массилии. Тем временем Курион вытеснил из Сицилии Катона и переправился в Африку, где погиб вместе со всем войском под ударами войск Помпея и поддержавшего его мавританского царя Юбы. Сам Помпей утвердился в Греции, заручившись поддержкой македонцев, фракийцев, фессалийцев и др. На его стороне была сильная конница, хорошо организованное снабжение армии и доминирование на море. В Иллирии войска Цезаря (15 когорт) принуждены были сдаться.