Согласно плана боевого применения войск («мобилизационного расписания») Туркестанского военного округа, в случае войны с Афганистаном основной задачей войск округа являлся разгром афганской армии в Северном Афганистане и овладение Кабулом, откуда открывался оперативный простор для дальнейшего наступления на равнины Индии[16]. С той целью разрабатывались два операционных направления – Кабульское (Самарканд – Кабул) и Гератское (Мерв – Герат). Для действий на первом операционном направлении предназначались силы I-го и части II-го Туркестанского армейских корпусов, Амударьинской военной флотилии и Амударьинской бригады пограничной стражи. Все эти силы образовывали так называемую Амударьинскую армию[17]. Для действий на втором – часть сил II-го Туркестанского армейского округа и резервы из Кавказского военного округа, перевозимые к театру войны морем и далее по Среднеазиатской железной дороге[18]. Войска, предназначенные для наступления на Герат, образовывали Мургабскую армию. Ближайшей задачей Амударьинской армии был захват переправ у Патта-Гиссара, обеспечение переправы войск через р. Амударью и овладение стратегическими позициями в Афганском Туркестане (Мазар-и-Шариф и крепость Дейдади). Направление дальнейшего наступления – на Кабул. После овладения Кабулом и Гератом и подхода резервов из глубины России происходило перенацеливание сил и средств группировки русских войск для дальнейшего наступления в глубь Индии. Войска гератской группировки получали операционное направление Герат – Кветта – Дели, кабульской – Кабул – Дели. Действия войск на этих двух операционных направлениях предусматривали полный разгром афганской армии и уничтожение основных сил индо-британской армии и овладение территорией Северной Индии, центром которой являлся город Дели.
Мобилизационное расписание Туркестанского военного округа предусматривало также ведение боевых действий на ряде второстепенных театров – в Персии (Тегеранское направление), Северо-Индийском (Пенджабское направление), в Западном Китае (Ферганско-Кашгарское и Джунгаро-Семиреченское направления). Изучение Северо-индийского театра займет важное место в деятельности А. Е. Снесарева в туркестанский период, о чем будет подробнее сказано ниже.
В начале XX в. Ташкент предствлял собой один из центров русского военного востоковедения. Работа по изучению сопредельных с округом стран Востока – Персии, Афганистана, Индии и Китая велась преимущественно офицерами Генерального штаба. В это время в Туркестане служили такие известные исследователи Востока, как М. В. Грулев, А. Г. Серебренников, Н. С. Лыкошин, Л. Г. Корнилов, А. Д. Шеманский, И. Д. Ягелло, И. К. Серебренников, В. Ф. Новицкий, И. Т. Пославский и многие другие. При штабе Туркестанского военного округа действовала Ташкентская офицерская школа восточных языков