Замечено, что одним из информаторов Герберштейна был Юрий Дмитриевич Траханиот («Юшка Малой») — сын Дмитрия Траханиота, племянник Юрия Траханиота. Этот человек, занявший весьма высокое положение при дворе Василия III, был, без сомнения, хорошо знаком и с настроениями русской аристократии, и с надеждами и чаяниями греков. Он знал, что Софья Палеолог не была любима в России. И он мог сообщить австрийскому посланнику, что именно Софья хотела свергнуть ордынское иго для того, чтобы подчеркнуть ее значимость как символа борьбы греков с мусульманским Востоком. Юшке Малому было на руку приписать матери Василия III инициативу в антиордынской борьбе. Он передал настроения аристократов-«грекофилов», которые связывали с Софьей и ее наследником большие надежды. И несмотря на то что сама Софья хотела лишь спасти династию и «убежать», ее греческие приближенные отнюдь не желали продолжения зависимости от Орды: она мешала Ивану III начать борьбу с султаном, на что рассчитывали греки, венецианцы и римляне.
Рассказ, содержащий подробности, связанные с участием Софьи в изгнании ордынцев из Кремля, привел вслед за Герберштейном английский автор XVII века Джон Мильтон. Он сообщал, что «княжна эта, будучи ума весьма горделивого, часто жаловалась, что вступила в брак с татарским присяжником, и наконец, непрестанными убеждениями нашла со временем средство избавить своего мужа и свою страну от того ига. Потому что, так как до того времени татарский хан имел своих представителей, которые жили в самой крепости Московской, для наблюдения за государственными делами, она прибегнула к выдумке, будто бы имела уведомление от неба, что должна построить храм Святому Николаю на том самом месте, где был дом татарских поверенных. Итак, родив сына, она обратилась с просьбой к татарскому князю, которого пригласила на крестины, чтобы он отдал ей этот дом; получив его, она срыла его до основания и удалила татарских надзирателей из замка и постепенно отняла у них все, чем они владели в России».>{465}
Пожалуй, церковь Николы Гостунского в Кремле, существовавшая до 1817 года, — единственный архитектурный памятник, который может быть напрямую связан с Софьей. До того как Василий III перенес в храм икону святого Николая из села Гостунь (рядом с городом Белёв, на территории современной Калужской области), церковь именовалась храмом Николы Льняного: женщины приносили туда лен, холсты и пряжу для освящения. Этот «женский» образ храма вполне может свидетельствовать о том, что он был как-то связан с великой княгиней. Но нет единого мнения о том, когда был заложен храм: в 1477 или 1506 году. Если принять первую версию, то это явно не стыкуется с легендой: сын у Софьи родился только в 1479 году. Если принять вторую — то оказывается, что он был построен и вовсе после смерти Софьи.