К счастью для субприора, через три дня явился нотариус и объявил решение инквизиторов: обоих друзей следовало посадить в тюрьму. Арестованных тут же повели туда и поместили почему-то отдельно от всех заключенных, на совершенно необжитом чердаке. Их даже посадили на цепь, причем на одну сразу двоих. Ужасное зрелище! Но имелся также интересный факт, опять-таки говорящий против «черной легенды» инквизиции. К осужденным в неограниченном количестве допускались посетители. Каким-то образом, несмотря на отсутствие СМИ и Интернета, об аресте Лойолы узнал весь город и на тюремный чердак выстроилась длинная очередь. Люди несли с собой еду и прочие необходимые вещи. Иньиго тут же организовал из приношений помощь нищим, а на сердобольных горожанах стал испытывать свои духовные упражнения. Собственно, продолжил заниматься тем, за что его лишили свободы.
Через некоторое время на чердак пожаловал следователь — бакалавр Санчо Гомес де Фриас. Он допросил каждого из двоих отдельно. По воспоминаниям самого Лойолы, «паломник отдал ему все свои бумаги, на которых были упражнения, чтобы их рассмотрели». Бакалавр очень интересовался, есть ли у них товарищи. Лойола с Каликсто сказали правду, и два других искателя истины — Лопе де Касерес и Хуан де Артеага — оказались за решеткой, правда, не в цепях и не на чердаке, а этажом ниже, с обычными ворами. Пятого члена духовной группировки, бывшего пажа вице-короля Наварры, оставили в покое.
Четыре дня спустя Иньиго, уже одного, вызвали на суд. Судей оказалось четверо, одним из них был бакалавр Фриас. Все они достаточно хорошо изучили конспект «Духовных упражнений», изъятый у арестанта. Начался жесткий перекрестный допрос. Лойоле задавали тонкие и коварные богословские вопросы, например о сути Пресвятой Троицы, которая считается самым непостижимым христианским постулатом. По словам Кандидо де Далмасеса, «паломник отвечал так, что судьям было не к чему придраться. Бакалавр Фриас, который активнее всех участвовал в допросе, поставил перед ним вопрос из канонического права. Паломник ответил, как ему показалось, наилучшим [образом], но прежде заметил, что мнение докторов по этому вопросу ему неизвестно. Затем они затронули вопрос, к которому он был хорошо подготовлен. Как он разъясняет первую заповедь? Он отвечал настолько пространно, что у судей уже пропала охота слушать дальше».
Не найдя, как уличить его, они перешли к разбору «Духовных упражнений». Бакалавр нашел место, где Лойола рассуждал о различиях между смертным грехом и простительным. Остальные судьи опять оживились. Как же человек, не имея богословского диплома, решается рассуждать о таких тонких вещах? «Бедный паломник» невозмутимо предложил им самим, как профессионалам в области богословия, прямо здесь и сейчас определить, правильны ли его утверждения, или же, наоборот, осудить их, если он в чем-то ошибся.