Сквозь пальцы смотрело и царское правительство на то, что ни Вахан, ни Бадахшан — эти высокогорные памирские области — никогда не принадлежали Афганистану, а их народы отчаянно сопротивлялись афганскому порабощению. Более того, правительство России сквозь пальцы посмотрело даже на дальнейшее распространение афганской экспансии, охватившее Шугнан и Рошан, захваченные афганцами в 1883 году. Все эти действия афганского владыки, вне всяких сомнений, направлялись Англией, что фактически являлось прямым нарушением договора Горчакова — Гренвилла и давало русскому правительству полное право заявить протест. Однако Россия молчала. Но к концу восьмидесятых годов, когда масса недовольных афганским господством жителей присоединенных областей подняла восстание, ситуация накалилась.
Восстание эмир Афганистана Абдуррахман подавил с величайшей жестокостью. Замечательный русский участник Большой игры Б. Л. Громбчевский, занимавшийся в конце восьмидесятых годов исследовательскими работами в Горном Бадахшане, оказался свидетелем происходивших там событий и оставил их подробные описания. В частности, он писал, что не только многострадальное население Горного Бадахшана, но и другие народы припамирских стран с симпатией отзывались о русских и выражали желание отдаться лучше России, чем англичанам. Так, в сентябре 1888 года, радостно принимая русского путешественника, правитель входящей в состав Канжута Хунзы Сафдаралихан просил передать императору просьбу о принятии его страны в состав России. Показывая письмо вице-короля Индии, он сказал Громбчевскому: «Вот его письмо, в котором он обещает сделать мою страну арсеналом и казнохранилищем Индии… Я ненавижу англичан и прогнал посланцев».
Получив благодаря собранным Громбчевским материалам подробные и достоверные сведения о Памире, Горном Бадахшане и других припамирских странах, а также вняв просьбам многочисленных беженцев из захваченных афганцами областей, Россия из тактики невмешательства и выжидания перешла наконец к активным действиям. Туркестанский генерал-губернатор генерал-лейтенант А. Б. Вревский летом 1891 года отправил на Памир военный отряд из пяти охотничьих команд линейных батальонов Ферганской области и команды казаков под общим начальством полковника М. Е. Ионова. Кроме того, генерал-губернатор и сам решил отправиться вслед за отрядом вместе с командующим войсками Ферганской области генерал-майором Н. И. Корольковым и подполковником Громбчевским. Англичане тут же прознали об этом и особенно сильно встревожились присутствием в свите генерал-губернатора Громбчевского, все последние годы занимавшегося тщательным изучением Памирского региона и прекрасно осведомленного об английском плане раздела Памира между Китаем и Афганистаном. Англия тут же принялась укреплять свою пограничную линию на Гиндукуше, а для рекогносцировки местности и наблюдения за действиями русских послали на Памир своего агента Янгхасбенда.