Местные жители везде с радостью встречали русских, выходили им навстречу, следовали за отрядами, оказывая всяческую помощь и поддержку. Однако 4 августа, когда рекогносцировочные отряды уже вошли в указанные им области, Ионов вновь вдруг получил предписание командующего войсками Ферганской области о соблюдении инструкции, данной ему еще в 1893 году, в которой было воспрещено вступление в пределы Шугнана и Рошана. Генерал Ионов, прекрасно зная, что население Шугнана и Рошана и так уже чересчур поплатилось за свои симпатии к русским, посчитал невозможным и несправедливым опять бросать его. Поэтому, не приостанавливая акции, он тотчас обратился с ходатайством непосредственно в Главный штаб Туркестанского военного округа, откуда, к счастью, получил «добро».
В результате решительных действий русских отрядов с личным вмешательством Ионова к сентябрю 1894 года все афганцы были вытеснены из Рошана, Шугнана и Вахана на левый берег Пянджа без кровопролития, в полном соответствии с соглашением Горчакова — Гренвилла. После этого Ионов назначил начальником всех русских войск в этом регионе ставшего уже подполковником Юденича. Таджики воспрянули духом: наконец-то они избавились от ненавистного афганского ига. Так же думали и русские солдаты, уверявшие местное население, что теперь афганцы никогда больше сюда не придут, и жители начали заниматься устройством местного самоуправления.
Однако эти радостные дни оказались недолгими, как для жителей правого берега Пянджа, так и для русских солдат. После трехнедельного пребывания русских в Хороге было получено категорическое предписание барона А. Б. Вревского всем войскам покинуть Горный Бадахшан и вернуться в Маргелан. Тридцатого сентября 1894 года «с тяжелым чувством выступили войска из Шугнана, — писал Ионов. — Грустно было нашим солдатам бросать землю, которую с большим трудом и лишениями им удалось наконец занять и где покоятся уже кости русского солдата… При обратном движении войск край будто вымер… Особенно тяжелое впечатление производило то обстоятельство, что уборка полей еще не окончена…»
Вскоре после этого, в самом начале ноября 1894 года, умер практически весь этот последний год тяжело болевший император России Александр III, и его место занял двадцатишестилетний сын Николай. Возможно, потому, что новый русский царь Николай II был настроен более миролюбиво, чем его отец, четвертый год тянувшиеся между Россией и Англией переговоры об урегулировании памирских границ неожиданно пришли к завершению. Немаловажное значение для успеха этих переговоров имели и четыре успешных похода Михаила Ефремовича Ионова. Видя достигнутые русскими успехи в Горном Бадахшане, симпатию к русским не только жителей Горного Бадахшана и Памира, но также и припамирских областей, английское правительство во избежание непосредственных военных столкновений в этом регионе решило все же урегулировать с Россией вопрос о разделе сфер влияния переговорным путем. И вот 11 марта 1895 года между Англией и Россией наконец было подписано соглашение о разграничении на Памире и в Горном Бадахшане.